Проект протеома человека - Human proteome project

Проект "Протеом человека"
Содержание
ОписаниеХарактеристика всего протеома
Типы данных
захвачен		белковая последовательность, фосфорилирование, ацетилирование, гликозилирование
ОрганизмыHomo sapiens
Контакт
Исследовательский центрОрганизация протеома человека
Лабораторияразные
Основное цитированиеPMID  22398612
Доступ
Интернет сайтwww.thehpp.org
www.c-hpp.org
веб-сервис URLNextProt REST

В Проект "Протеом человека"[1] (ГЭС) - совместные усилия, координируемые Организация протеома человека.[2] Заявленная цель состоит в том, чтобы экспериментально наблюдать все белки производятся последовательностями, переведенными с человеческий геном.

История

В Организация протеома человека служил координирующим органом для многих долгосрочных протеомика исследовательские проекты, связанные с конкретными тканями человека, представляющими клинический интерес, такие как плазма крови,[3] печень,[4] мозг [5] и моча.[6] Он также отвечал за проекты, связанные с конкретными технологиями. [7] и стандарты [8] необходим для крупномасштабного изучения белков.

Структура и цели более крупного проекта, параллельного Проект "Геном человека" обсуждается в научной литературе.[9][10][11][12][13] Результатом этой дискуссии и серии встреч на всемирных конгрессах Организации протеома человека в 2009, 2010 и 2011 годах стало решение определить проект «Протеом человека» как состоящий из двух подпроектов, C-HPP и B / Д-ГЭС.[14] C-HPP будет разделен на 25 групп, по одной на хромосому человека. B / D-HPP будут организованы в группы по биологической значимости и значимости белков.[15]

Проекты и группы

Текущий набор рабочих групп перечислен ниже в порядке хромосомы, подлежащей изучению.

ХромосомаЛидер группыНациональная принадлежность
1Пинг СюйКитай
2Лиди ЛейнШвейцария
3Такеши КавамураЯпония
4Ю Джу ЧенТайвань
5Петр ХорватовичНидерланды
6Кристоф БорхерсКанада
7Эдвард НайсАвстралия, Новая Зеландия
8Пэнъюань ЯнКитай
9Дже-Йоэль ЧоСеул, Корея
10Джошуа ЛабаерСоединенные Штаты Америки
11Чон Шин ЮКорея
12Рави СирдешмукИндия, Сингапур, Тайвань, Таиланд
13Молодой Ки ПайкКорея
14Чарльз ПиноФранция
15Жилберто Б. ДомонтБразилия
16Фернандо КорралесИспания
17Гилберт С. ОменнСоединенные Штаты Америки
18Алексей АрчаковРоссия
19Дьёрдь Марко-ВаргаШвеция
20Сициу ЛюКитай
21Альберт ЗикманнГермания
22Ахилеш ПандейСоединенные Штаты Америки
ИксЯсуши ИсихамаЯпония
YГасем Хоссейни СалекдеИран
MTАндреа УрбаниИталия

Вычислительные ресурсы

Обработка данных, анализ и проверка результатов протеомики на основе MS / MS обеспечивает Эрик Дойч из Института системной биологии, Сиэтл, США (Пептид Атлас ). Обработка данных, связанных с методами антител, координируется Калле фон Фейлитцен, Стокгольм, Швеция (Атлас белков человека ). За общую интеграцию и информатику отчетности отвечает Лиди Лейн в SIB, Женева, Швейцария (NeXtProt ). Все данные, полученные в рамках взносов ГЭС, передаются в один из ProteomeXchange репозитории.

Текущее состояние

Текущие операции проекта Human Proteome Project на основе хромосом были предметом специального выпуска Journal of Proteome Research (3 января 2014 г., том 13, выпуск 1). Статус всего проекта обсуждался в редакции этого номера.[16]

Отдельная вики-страница CHPP была создана группой биоинформатики проекта для поддержки текущей информации о проекте, включая встречи, события, СОП и другие специальные ресурсы для отдельных хромосомных команд.

Метрики уровня достоверности, связанные с наблюдениями за белками, являются ключевым компонентом этого проекта. Вопрос о том, как определить метрики, которые имеют значение для различных используемых экспериментальных протоколов, является предметом постоянных дебатов: опубликованы текущие согласованные метрики.[17]

Журнальные статьи, описывающие недавний статус проекта и анонсирующие запуск "MissingProteinPedia", можно найти здесь.[18][19]

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ Legrain, P. et al. Проект протеома человека: текущее состояние и будущее направление. Протеомика клеток Mol. 10: M111.009993 (2011).
  2. ^ HUPO (Human Proteome Organization) 1-й Всемирный конгресс. Протеомика клеток Mol. 9: 651-752 (2002).
  3. ^ Оменн, Г.С. и др. Обзор проекта HUPO Plasma Proteome Project. Протеомика. 5, 3226-45 (2005).
  4. ^ Он, Ф. Проект протеома печени человека: план, прогресс и перспективы. Протеомика клеток Mol. 4, 1841-8 (2005).
  5. ^ Hamacher, M. et al. Проект HUPO Brain Proteome: к кодексу поведения. Протеомика клеток Mol. 7, 457 (2008).
  6. ^ Ямамото, Т., Лангхам, Р.Г., Ронко, П., Неппер, М.А., и Тонгбункерд, В. К стандартным протоколам и руководствам по протеомике мочи. Протеомика. 8, 2156-9 (2008).
  7. ^ Улен М. и Понтен Ф. Протеомика на основе антител для профилирования тканей человека. Протеомика клеток Mol. 4, 384-93 (2005).
  8. ^ Орчард, С. и др. Текущее состояние разработки протеомных стандартов. Эксперт Rev Proteomics. 1, 179-83 (2005).
  9. ^ Арчаков А, и др. Мастерская Московского проекта HUPO Human Proteome Project. Протеомика молоклеток. 8: 2199-200 (2009).
  10. ^ Бейкер М.С. Создание «практического» проекта протеома человека - следующий важный шаг в фундаментальной и клинической протеомике. Curr Opin Mol Ther. 2009 11: 600-2 (2009).
  11. ^ От редакции, Зов протеома человека. Нат методы. 7: 661 (2010).
  12. ^ Rabilloud T., et al. Является ли геноцентрический протеомный проект человека лучшим способом для протеомики служить биологии? Протеомика. 10:3067-72 (2010).
  13. ^ От редакции. Геноцентрический проект протеома человека. Протеомика клеток Mol. 9: 427-429 (2010).
  14. ^ Paik, Y-K., Et al. Хромосомно-ориентированный проект человеческого протеома для характеристики наборов белков, закодированных в геноме. Nature Biotech.30: 221–3 (2012).
  15. ^ Эберсольд Р. и др. Проект «Человеческий протеом, управляемый биологией / болезнями» (B / D-HPP): Обеспечение исследований белков для сообщества наук о жизни. J. Proteome Res. 12:23–27 (2013).
  16. ^ Paik Y-K. И др. Полногеномная протеомика, Хромосомно-ориентированный проект человеческого протеома (C-HPP), Часть II. J. Proteome Res. 13:1–4 (2014).
  17. ^ Omenn GS., Et al. Metrics for the Human Proteome Project 2015: Progress on Human Proteome and Guidelines for High Confidence Protein Identification. J Proteome Res. 14: 3452-60 (2015).
  18. ^ Хорватович П. и др. В поисках недостающих белков: обновление 2015 года о проекте «Хромосомно-ориентированный протеом человека». J Proteome Res. 15 июня (2015).
  19. ^ Бейкер, MS; и другие. (2017). «Ускорение поиска недостающих белков в протеоме человека». Nature Communications. 8. Дои:10.1038 / ncomms14271. ЧВК  5286205.

внешняя ссылка

  1. Страница проекта ГЭС (www.hupo.org)
  2. Веб-сайт HPP (www.thehpp.org)
  3. Хромосомно-ориентированный веб-сайт HPP (www.c-hpp.org)
  4. Веб-сайт BD HPP (www.hupo.org/B/D-HPP)