Линкольн Штайн - Lincoln Stein

Линкольн Штайн
Линкольн Штайн с Альфонсо Валенсией и Сарой Тайхманн 038-ISMB2016 (28418579253) .jpg
Линкольн Штайн с (крайний справа) Альфонсо Валенсия (крайний слева) и Сара Тайхманн (в центре) на Интеллектуальные системы для молекулярной биологии (ISMB) в 2016 г. в г. Орландо, Флорида.
Родившийся
Линкольн Дэвид Штайн

1960 (59–60 лет)[1]
Альма-матерГарвардский университет (Кандидат наук)
Награды
Научная карьера
ПоляГеномная информатика[3]
Учреждения
ТезисКлонирование генов, регулируемых развитием, из Schistosoma mansoni  (1989)
Интернет сайтOicr.на.ca/ следователи/ Линкольн-Штайн

Линкольн Дэвид Штайн учёный и Профессор в биоинформатика и вычислительная биология на Институт Онтарио по исследованию рака.[3][4][5]

Образование

Штейн завершил Доктор медицины в Гарвардская медицинская школа и кандидат наук в Клеточная биология в Гарвардский университет оба в 1989 году[6] через Доктор медицинских наук программа. Его диссертация исследована клонирование генов в Schistosoma mansoni.[6]

Карьера

1992–1997 гг. - директор по информатике Массачусетский технологический институт (MIT) Центр генома, Институт Уайтхеда биомедицинских исследований. С 1998 по 2004 год он был Доцент в Лаборатория Колд-Спринг-Харбор. Он работает в Институте онкологических исследований Онтарио с 2007 года.[нужна цитата ]

Исследование

Текущие исследовательские проекты Штейна[3][5] включают Reactome,[7] WormBase,[7] BioPerl,[8] Грамен,[9] КОДИРОВАТЬ,[10][11][12] в База данных универсальных модельных организмов,[13] в Онтология последовательности[14] и Облачные вычисления.[15]

Штейн также является первоначальным разработчиком CGI.pm и участник mod_perl, оба широко используются в Язык программирования Perl для веб-приложений, а также многих других Модули Perl и связанные книги.[16][17][18][19][20]

Награды и награды

Штейн был награжден Премия Бенджамина Франклина (биоинформатика) в 2004 г.[21] Он был избран Член ISCB в 2016 г. Международное общество вычислительной биологии.[2]

Рекомендации

  1. ^ https://viaf.org/viaf/116663444/
  2. ^ а б Анон (2017). «Стипендиаты ISCB». iscb.org. Международное общество вычислительной биологии. Архивировано из оригинал на 20.03.2017.
  3. ^ а б c Линкольн Штайн публикации, проиндексированные Google ученый
  4. ^ "Институт Онтарио по исследованию рака". Архивировано из оригинал 22 апреля 2011 г.
  5. ^ а б Публикации Линкольна Штайна индексируется Scopus библиографическая база данных. (требуется подписка)
  6. ^ а б Штейн, Линкольн Дэвид (1989). Клонирование генов, регулируемых развитием, из Schistosoma mansoni. harvard.edu (Кандидатская диссертация). Гарвардский университет. OCLC  23368773.
  7. ^ а б Croft, D .; О'Келли, Дж .; Wu, G .; Haw, R .; Gillespie, M .; Matthews, L .; Caudy, M .; Garapati, P .; Гопинатх, G .; Jassal, B .; Юп, S .; Калацкая, И .; Mahajan, S .; Май, B .; Ndegwa, N .; Schmidt, E .; Шамовский, В .; Yung, C .; Birney, E .; Hermjakob, H .; d'Eustachio, P .; Штейн, Л. (2010). «Reactome: база данных реакций, путей и биологических процессов». Исследования нуклеиновых кислот. 39 (Проблема с базой данных): D691 – D697. Дои:10.1093 / nar / gkq1018. ЧВК  3013646. PMID  21067998.
  8. ^ Stajich, J. E .; Блок, Д .; Boulez, K .; Бреннер, С.; Chervitz, S .; Дагдигян, С .; Fuellen, G .; Gilbert, J .; Корф, I .; Lapp, H .; Lehväslaiho, H .; Matsalla, C .; Mungall, C.J .; Osborne, B.I .; Pocock, M. R .; Schattner, P .; Сенгер, М .; Штейн, Л.; Ступка, Э .; Wilkinson, M.D .; Бирни, Э. (2002). «Набор инструментов BioPerl: модули Perl для наук о жизни». Геномные исследования. 12 (10): 1611–1618. Дои:10.1101 / гр.361602. ЧВК  187536. PMID  12368254.
  9. ^ Ware, D. H .; Jaiswal, P .; Ni, J .; Яп, И. В .; Пан, X .; Clark, K. Y .; Тейтельман, Л .; Schmidt, S.C .; Zhao, W .; Chang, K .; Cartinhour, S .; Stein, L.D .; Маккач, С. Р. (2002). «Грамен, инструмент для геномики травы». Физиология растений. 130 (4): 1606–1613. Дои:10.1104 / стр.015248. ЧВК  1540266. PMID  12481044.
  10. ^ Герштейн МБ, Лу З.Дж., Ван Ностранд Э.Л., Ченг С., Аршинофф Б.И., Лю Т., Ип К.Й., Робилотто Р., Рехтштайнер А; и другие. (2010). «Интегративный анализ генома Caenorhabditis elegans в рамках проекта modENCODE». Наука. 330 (6012): 1775–1787. Bibcode:2010Sci ... 330.1775G. Дои:10.1126 / science.1196914. ЧВК  3142569. PMID  21177976.CS1 maint: несколько имен: список авторов (связь)
  11. ^ Консорциум modENCODE, Рой С., Эрнст Дж., Харченко П.В., Керадпур П., Негре Н., Итон М.Л., Ландолин Дж. М., Бристоу, Калифорния, Ма Л.; и другие. (2010). «Идентификация функциональных элементов и регуляторных цепей с помощью Drosophila modENCODE». Наука. 330 (6012): 1787–1797. Bibcode:2010Научный ... 330.1787R. Дои:10.1126 / science.1198374. ЧВК  3192495. PMID  21177974.CS1 maint: несколько имен: список авторов (связь)
  12. ^ Contrino, S .; Smith, R.N .; Бутано, Д .; Carr, A .; Ху, Ф .; Lyne, R .; Rutherford, K .; Kalderimis, A .; Sullivan, J .; Carbon, S .; Kephart, E.T .; Lloyd, P .; Стинсон, Э. О .; Вашингтон, Н. Л .; Perry, M.D .; Рузанов, П .; Жа, З .; Lewis, S.E .; Stein, L.D .; Миклем, Г. (2011). «ModMine: гибкий доступ к данным modENCODE». Исследования нуклеиновых кислот. 40 (Проблема с базой данных): D1082 – D1088. Дои:10.1093 / nar / gkr921. ЧВК  3245176. PMID  22080565.
  13. ^ Штейн, Л.; Mungall, C .; Shu, S .; Caudy, M .; Mangone, M .; День, А .; Nickerson, E .; Stajich, J. E .; Harris, T. W .; Arva, A .; Льюис, С. (2002). "Общий обозреватель генома: строительный блок для системной базы данных модельного организма". Геномные исследования. 12 (10): 1599–1610. Дои:10.1101 / гр. 403602. ЧВК  187535. PMID  12368253.
  14. ^ Eilbeck, K .; Льюис, С.Э.; Mungall, C.J .; Yandell, M .; Штейн, Л.; Дурбин, Р.; Эшбернер, М. (2005). «Онтология последовательности: инструмент для унификации аннотаций генома». Геномная биология. 6 (5): R44. Дои:10.1186 / gb-2005-6-5-r44. ЧВК  1175956. PMID  15892872.
  15. ^ Штейн, Л. Д. (2010). «Облачные вычисления в информатике генома». Геномная биология. 11 (5): 207. Дои:10.1186 / gb-2010-11-5-207. ЧВК  2898083. PMID  20441614.
  16. ^ Штейн, Линкольн Д. (1998). Официальное руководство по программированию с помощью CGI. pm: [стандарт для создания веб-скриптов]. Нью-Йорк: Вили. ISBN  978-0-471-24744-9.
  17. ^ Дуг МакИчерн; Штейн, Линкольн Д. (1999). Написание модулей Apache с Perl и C. Севастополь, Калифорния: О'Рейли. ISBN  978-1-56592-567-0.
  18. ^ Штейн, Линкольн Д. (2001). Сетевое программирование на Perl. Бостон: Эддисон-Уэсли. ISBN  978-0-201-61571-5.
  19. ^ Штейн, Линкольн Д. (1997). Как создать и поддерживать веб-сайт. Бостон: Эддисон-Уэсли. ISBN  978-0-201-63462-4.
  20. ^ Штейн, Линкольн Д. (1998). Веб-безопасность: пошаговое справочное руководство. Бостон: Эддисон-Уэсли. ISBN  978-0-201-63489-1.
  21. ^ http://www.bioinformatics.org/franklin/2004/ Премия Бенджамина Франклина 2004 присуждена Линкольну Д. Штайну