Пептидилпролилизомераза D - Peptidylprolyl isomerase D

Для других случаев использования аббревиатуры PPID см. PPID.

PPID
Идентификаторы
Псевдонимы	PPID, CYP-40, CYPD, пептидилпролилизомераза D
Внешние идентификаторы	OMIM: 601753 MGI: 1914988 ГомолоГен: 31283 Генные карты: PPID
Расположение гена (человек) Chr. Хромосома 4 (человек)[1] Группа 4q32.1 Начните 158,709,127 бп[1] Конец 158,723,396 бп[1]
Расположение гена (Мышь) Chr. Хромосома 3 (мышь)[2] Группа 3 | 3 E3 Начните 79,591,342 бп[2] Конец 79,603,650 бп[2]
Экспрессия РНК шаблон Дополнительные данные эталонного выражения
Генная онтология Молекулярная функция • Связывание с белком Hsp90 • связывание с белками теплового шока • связывание фактора транскрипции • изомеразная активность • активность пептидил-пролил цис-транс-изомеразы • Связывание с белком Hsp70 • GO: 0001948 связывание с белками • связывание рецептора эстрогена • связывание циклоспорина А • развернутое связывание с белками Сотовый компонент • цитоплазма • ядрышко • ядро клетки • цитозоль • нуклеоплазма • митохондрия Биологический процесс • шаперон-опосредованный сворачивание белка • клеточный ответ на УФ-А • вирусное выделение • организация липидных частиц • отрицательная регуляция транскрипции с промотора РНК-полимеразы II • сворачивание белка • положительное регулирование секреции белка • положительная регуляция апоптотического процесса • транспорт белка • положительная регуляция репликации вирусного генома • апоптотический процесс • сборка макромолекулярного комплекса • изомеризация пептидил-пролила белков • рефолдинг белка • отрицательная регуляция апоптотического процесса • регуляция митохондриального мембранного потенциала Источники:Amigo / QuickGO
Ортологи
Виды	Человек	Мышь
Entrez	5481	67738
Ансамбль	ENSG00000171497	ENSMUSG00000027804
UniProt	Q08752	Q9CR16
RefSeq (мРНК)	NM_005038	NM_026352 NM_001356326
RefSeq (белок)	NP_005029	NP_080628 NP_001343255
Расположение (UCSC)	Chr 4: 158.71 - 158.72 Мб	Chr 3: 79,59 - 79,6 Мб
PubMed поиск	[3]	[4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человека Просмотр / редактирование мыши

Пептидилпролилизомераза D (циклофилин D), также известен как PPID, является фермент который у человека кодируется PPID ген на хромосоме 4. Как член семейства пептидил-пролил цис-транс-изомераз (PPIase), этот белок катализирует цис-транс изомеризация имидного пролина пептидные связи, что позволяет облегчить сворачивание или восстановление белков.^[5] Кроме того, PPID участвует во многих биологических процессах, в том числе митохондриальных. метаболизм, апоптоз, редокс, и воспаление, а также при сопутствующих заболеваниях и состояниях, таких как ишемическое реперфузионное повреждение, СПИД, и рак.^[6][7][8][9]

Структура

Как и другие циклофилины, PPID образует β-цилиндрическую структуру с гидрофобным ядром. Этот β-бочонок состоит из восьми антипараллельных β-нитей и ограничен двумя α-спиралями вверху и внизу. Кроме того, β-витки и петли в прядях способствуют гибкости ствола.^[8] PPID, в частности, состоит из 370 остатков и имеет структурную гомологию с PPIF, FKBP51, и FKBP52, включая N-концевой иммунофилин-подобный домен и C-концевой домен тетратрикопептидного повтора (TPR).^[10]

Функция

Белок, кодируемый этим геном, является членом пептидилпролилцис-транс-изомеразы (PPIase ) семья. PPIases катализируют цис-транс-изомеризация из пролин имидные пептидные связи в олигопептиды и ускорить складывание белков.^[5] Как правило, PPIases обнаруживаются у всех эубактерий и эукариот, а также у некоторых архей и, следовательно, очень консервативны.^[6][11] Семейство PPIase делится на три структурно различных подсемейства: циклофилин (CyP), FK506-связывающий белок (FKBP ), и парвулин (Пвн).^[6][8] Как циклофилин PPID связывает циклоспорин А (CsA) и может быть обнаружен внутри клетки или секретируется клеткой.^[7] У эукариот циклофилины повсеместно локализуются во многих типах клеток и тканей.^[7][8] В дополнение к активности PPIase и белков-шаперонов, циклофилины также участвуют в митохондриальном метаболизме, апоптозе, иммунологическом ответе, воспалении, а также росте и пролиферации клеток.^[6][7][8] PPID, в частности, способствует сборке белка теплового шока. Hsp90, а также ядерная локализация рецепторов глюкокортикоидов, эстрогенов и прогестерона. Наряду с PPIF, PPID регулирует митохондриальный апоптоз. В ответ на повышенный активные формы кислорода (ROS) и уровни ионов кальция, PPID взаимодействует с Bax способствовать образованию пор митохондрий, высвобождая таким образом проапоптотические факторы, такие как цитохром с и AIF.^[10]

Клиническое значение

Как циклофилин, PPID связывает иммунодепрессивное лекарство CsA с образованием комплекса CsA-циклофилин, который затем нацеливается на кальциневрин, чтобы ингибировать сигнальный путь для активации Т-клеток.

В сердечных миогенных клетках циклофилины активируются тепловым шоком и гипоксией-реоксигенацией, а также образуют комплекс с белками теплового шока. Таким образом, циклофилины могут выполнять функцию кардиозащиты при ишемии-реперфузии.

В настоящее время экспрессия циклофилина сильно коррелирует с патогенезом рака, но конкретные механизмы еще предстоит выяснить.^[7] Исследования показали, что PPID защищает кератиноциты человека от апоптоза, вызванного UVA, поэтому лекарства и методы лечения, которые ингибируют PPID, такие как CsA, могут непреднамеренно способствовать развитию рака кожи. И наоборот, лечение, стимулирующее активность PPID, может улучшить исходы для пациентов в сочетании с терапией UVA против рака.^[10]

Взаимодействия

PPID был показан взаимодействовать с:

• CsA^[7]
• Bax^[10]

использованная литература

1. ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000171497 - Ансамбль, Май 2017
2. GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000027804 - Ансамбль, Май 2017
3. "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
4. "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
5. «Ген Entrez: пептидилпролилизомераза D PPID (циклофилин D)».
6. Казуи Т., Иноуэ Н., Ямада О., Комацу С. (январь 1992 г.). «Избирательная церебральная перфузия во время операции по поводу аневризмы дуги аорты: переоценка». Летопись торакальной хирургии. 53 (1): 109–14. Дои:10.1016 / 0003-4975 (92) 90767-х. PMID  1530810.
7. Яо Ц., Ли М., Ян Х, Чай Х, Фишер В., Чен С. (март 2005 г.). «Роль циклофилинов в раке и других системах органов». Всемирный журнал хирургии. 29 (3): 276–80. Дои:10.1007 / s00268-004-7812-7. PMID  15706440. S2CID  11678319.
8. Ван Т., Юнь Ч., Гу SY, Чанг В. Р., Лян округ Колумбия (август 2005 г.). «1.88 Кристаллическая структура домена C hCyP33: новый домен пептидил-пролил цис-транс-изомеразы». Сообщения о биохимических и биофизических исследованиях. 333 (3): 845–9. Дои:10.1016 / j.bbrc.2005.06.006. PMID  15963461.
9. Stocki P, Chapman DC, Beach LA, Williams DB (август 2014 г.). «Истощение циклофилинов B и C приводит к нарушению регуляции окислительно-восстановительного гомеостаза эндоплазматического ретикулума». Журнал биологической химии. 289 (33): 23086–96. Дои:10.1074 / jbc.M114.570911. ЧВК  4132807. PMID  24990953.
10. Джандова Дж., Джанда Дж., Слай Дж. Э. (март 2013 г.). «Циклофилин 40 изменяет апоптоз, вызванный УФ-А, и образование митохондриальных АФК в кератиноцитах». Экспериментальные исследования клеток. 319 (5): 750–60. Дои:10.1016 / j.yexcr.2012.11.016. ЧВК  3577976. PMID  23220213.
11. Hoffmann H, Schiene-Fischer C (июль 2014 г.). «Функциональные аспекты внеклеточных циклофилинов». Биологическая химия. 395 (7–8): 721–35. Дои:10.1515 / hsz-2014-0125. PMID  24713575. S2CID  32395688.

дальнейшее чтение

• Берардини Т.З., Боллман К., Сан Х., Поэтиг Р.С. (март 2001 г.). «Регулирование вегетативной фазы изменения в Arabidopsis thaliana циклофилином 40». Наука. 291 (5512): 2405–7. Дои:10.1126 / science.1057144. PMID  11264535. S2CID  31121128.
• Киффер Л.Дж., Тальхаммер Т., Хандшумахер Р.Э. (март 1992 г.). «Выделение и характеристика белка, родственного циклофилину 40 кДа». Журнал биологической химии. 267 (8): 5503–7. PMID  1544925.
• Хоффманн К., Какалис Л.Т., Андерсон К.С., Армитаж И.М., Хандшумахер Р.Э. (апрель 1995 г.). «Экспрессия человеческого циклофилина-40 и влияние мутации His141 -> Trp на катализ и связывание циклоспорина А». Европейский журнал биохимии / FEBS. 229 (1): 188–93. Дои:10.1111 / j.1432-1033.1995.tb20454.x. PMID  7744028.
• Киффер Л.Дж., Сенг Т.В., Ли В., Остерман Д.Г., Хандшумахер Р.Э., Бейни Р.М. (июнь 1993 г.). «Циклофилин-40, белок, гомологичный компоненту Р59 стероидного рецепторного комплекса. Клонирование кДНК и дальнейшая характеристика». Журнал биологической химии. 268 (17): 12303–10. PMID  8509368.
• Йокои Х., Симидзу Й., Анадзава Х., Лефевр, Калифорния, Корнелюк Р.Г., Икеда Дж. Э. (август 1996 г.). «Структура и полная нуклеотидная последовательность гена циклофилина 40 человека (PPID)». Геномика. 35 (3): 448–55. Дои:10.1006 / geno.1996.0384. PMID  8812478.
• Боналду М.Ф., Леннон Г., Соарес МБ (сентябрь 1996 г.). «Нормализация и вычитание: два подхода для облегчения открытия генов». Геномные исследования. 6 (9): 791–806. Дои:10.1101 / гр.6.9.791. PMID  8889548.
• Сильверштейн А.М., Галигниана М.Д., Чен М.С., Оуэнс-Грилло Дж.К., Чинкерс М., Пратт В.Б. (июнь 1997 г.). «Протеиновая фосфатаза 5 является основным компонентом рецептора глюкокортикоидов. Hsp90 комплексы со свойствами иммунофилина, связывающего FK506». Журнал биологической химии. 272 (26): 16224–30. Дои:10.1074 / jbc.272.26.16224. PMID  9195923.
• Янг JC, Оберманн WM, Hartl FU (июль 1998 г.). «Специфическое связывание белков тетратрикопептидных повторов с C-концевым доменом 12 кДа hsp90». Журнал биологической химии. 273 (29): 18007–10. Дои:10.1074 / jbc.273.29.18007. PMID  9660753.
• Марк П.Дж., Уорд Б.К., Кумар П., Лахути Х., Минчин Р.Ф., Ратайчак Т. (январь 2001 г.). «Циклофилин 40 человека представляет собой белок теплового шока, который проявляет измененную внутриклеточную локализацию после теплового шока». Клеточный стресс и шапероны. 6 (1): 59–70. Дои:10.1379 / 1466-1268 (2001) 006 <0059: HCIAHS> 2.0.CO; 2. ЧВК  434384. PMID  11525244.
• Уорд Б.К., Аллан Р.К., Мок Д., Темпл С.Е., Тейлор П., Дорнан Дж., Марк П.Дж., Шоу Д.Д., Кумар П., Уолкиншоу, доктор медицины, Ратайчак Т. (октябрь 2002 г.). «Мутационный анализ циклофилина 40 на основе структуры определяет ключевые остатки в основном повторяющемся домене тетратрикопептида, которые опосредуют связывание с Hsp90». Журнал биологической химии. 277 (43): 40799–809. Дои:10.1074 / jbc.M207097200. PMID  12145316.
• McStay GP, Кларк SJ, Halestrap AP (октябрь 2002 г.). «Роль критических тиоловых групп на матричной поверхности транслоказы аденин-нуклеотидов в механизме переходной поры митохондриальной проницаемости». Биохимический журнал. 367 (Pt 2): 541–8. Дои:10.1042 / BJ20011672. ЧВК  1222909. PMID  12149099.
• Геваерт К., Гётальс М., Мартенс Л., Ван Дамм Дж., Стаес А., Томас Г. Р., Вандекеркхове Дж. (Май 2003 г.). «Изучение протеомов и анализ процессинга белков с помощью масс-спектрометрической идентификации отсортированных N-концевых пептидов». Природа Биотехнологии. 21 (5): 566–9. Дои:10.1038 / nbt810. PMID  12665801. S2CID  23783563.
• Шуберт А., Гримм С. (январь 2004 г.). «Циклофилин D, компонент поры с переходной проницаемостью, является репрессором апоптоза». Исследования рака. 64 (1): 85–93. Дои:10.1158 / 0008-5472.CAN-03-0476. PMID  14729611.
• Мачида К., Осада Х (декабрь 2003 г.). «Молекулярное взаимодействие между циклофилином D и транслоказой адениннуклеотидов при высвобождении цитохрома с: определяет ли оно, зависит ли высвобождение цитохрома с от перехода проницаемости или нет?». Летопись Нью-Йоркской академии наук. 1010: 182–5. Дои:10.1196 / летопись.1299.031. PMID  15033717. S2CID  1034903.
• Каррелло А., Аллан Р.К., Морган С.Л., Оуэн Б.А., Мок Д., Уорд Б.К., Минчин Р.Ф., Тофт Д.О., Ратайчак Т. (2005). «Взаимодействие циклофилина 40 кокаперона Hsp90 с Hsc70». Клеточный стресс и шапероны. 9 (2): 167–81. Дои:10.1379 / CSC-26R.1. ЧВК  1065296. PMID  15497503.
• Барриос-Родилес М., Браун К.Р., Оздамар Б., Бозе Р., Лю З., Донован Р.С., Синджо Ф., Лю Ю., Дембовы Дж., Тейлор И. В., Луга В., Прзуль Н., Робинсон М., Сузуки Н., Хаяшизаки Ю., Юрисика И., Wrana JL (март 2005 г.). «Высокопроизводительное отображение динамической сигнальной сети в клетках млекопитающих». Наука. 307 (5715): 1621–5. Дои:10.1126 / science.1105776. PMID  15761153. S2CID  39457788.
• Machida K, Ohta Y, Osada H (май 2006 г.). «Подавление апоптоза циклофилином D посредством стабилизации митохондриального связывания гексокиназы II в раковых клетках». Журнал биологической химии. 281 (20): 14314–20. Дои:10.1074 / jbc.M513297200. PMID  16551620.
• Мок Д., Аллан Р.К., Каррелло А., Вангу К., Уолкиншоу, доктор медицины, Ратайчак Т. (май 2006 г.). «Шаперонная функция циклофилина 40 картируется в щели между повторяющимися доменами пролилизомеразы и тетратрикопептида». Письма FEBS. 580 (11): 2761–8. Дои:10.1016 / j.febslet.2006.04.039. PMID  16650407. S2CID  26811748.