Рауль Рабадан - Raúl Rabadán

Рауль Рабадан
Бюст Рауля Рабадана Columbia Univ photo.jpg
Родившийся (1974-01-03) 3 января 1974 г. (46 лет)
НациональностьИспанский, американский
Альма-матерАвтономный университет Мадрида (Доктор философии 2001 г.)
Научная карьера
ПоляТеоретическая физика
Вычислительная биология
Геномика
Математическая биология
УчрежденияКолумбийский университет
Институт перспективных исследований
ЦЕРН
Интернет сайтрабадан.c2b2.columbia.edu

Рауль Рабадан (родился 3 января 1974 г.) - испанско-американский физик-теоретик и вычислительный биолог. В настоящее время он является профессором Джеральда и Джанет Каррус на кафедреСистемная биология, Биомедицинская информатика и хирургия в Колумбийский университет. Он является директором Программы математической геномики в Колумбийском университете и директором Центра топологии эволюции и гетерогенности рака. В Колумбии он собрал в высшей степени междисциплинарную лабораторию с исследователями из областей математики, физики, информатики, инженерии и медицины с общей целью решения насущных биомедицинских проблем с помощью количественных вычислительных моделей. Текущие интересы Рабадана сосредоточены на раскрытии закономерностей эволюции биологических систем, в частности вирусов и рака.

Карьера

Рабадан - специалист по математическим подходам к биологическим системам, геномике рака и инфекционных заболеваний. Он получил докторскую степень втеория струн феноменология, в частности физика струнных компактификаций и пересекающихсяD-брана конфигурации в Автономном университете Мадрида, Испания. В своих недавних исследованиях в области физики он изучил информационный парадокс черных дыр в контексте Анти-де Ситтера /Конформная теория поля двойственности, и предложил несколько экспериментов по поиску аксионов. С 2005 года он сосредоточил свою исследовательскую программу на теоретических и вычислительных проблемах биологии. С 2001 по 2003 год Рабадан работал научным сотрудником на кафедре теоретической физики вЦЕРН, Европейская организация ядерных исследований, Женева, Швейцария. В 2003 году он присоединился к группе физиков Школы естественных наук в г. Институт перспективных исследований.

С 2008 года Рабадан является профессором Колумбийского университета в Нью-Йорке. Он применял количественные подходы к моделированию и пониманию динамики биологических систем через призму геномики. Он сосредоточил свои исследования на эволюции двух таких биологических систем: рака и инфекционных заболеваний. В частности, он работал над выявлением движущих механизмов эволюционных процессов, характеризовал динамику ключевых процессов и выяснял эпистазические взаимодействия. Рабадан заинтересован в понимании эволюции инфекционных агентов посредством анализа их генома, в частности РНК-вирусов, таких как грипп и коронавирусы. Его работа в этой области включает выяснение происхождения вируса гриппа A подтипа H1N1.[1][2]

Работа Рабадана в области геномики рака привела к выявлению движущих сил лейкемии волосатых клеток,[3] диффузная В-клеточная лимфома большого размера,[4][5] Т-клеточный острый лимфобластный лейкоз,[6][7] хронический лимфолейкоз,[8][9][10][11] лимфома маргинальной зоны селезенки[12] и мультиформная глиобластома;[13][14][15] и для выявления повторяющихся изменений, которые приводят к устойчивости к терапии, с использованием продольных данных при остром лимфобластном лейкозе Т-клеток. В настоящее время он изучает роль некодирующей РНК при раке.[16][17] Недавно он работал над применением анализа топологических данных к крупномасштабным геномным данным и данным транскриптомных одиночных клеток.[18][19][20][21][22]

Научная работа Рабадана привела к более чем 200 рецензируемых научных публикаций, в том числе в журналах с высоким импакт-фактором (New England Journal of Medicine, Nature, Science, Nature Genetics, Nature Medicine, Cell, среди других). Некоторые из его результатов были опубликованы в международной прессе, включая CNN, New York Times, Wall Street Journal, Associated Press, Reuters International и The Economist.

Книги

В 2019 году Рабадан вместе с Эндрю Блумбергом, топологом Техасского университета, опубликовал книгу Топологический анализ данных для геномики и эволюции в издательстве Кембриджского университета. Книги исследуют биологию в эпоху больших данных. В этой книге представлены основные идеи и методы анализа топологических данных и его конкретные приложения в биологии, включая эволюцию вирусов, бактерий и людей, геномику рака и характеристику процессов развития отдельных клеток.

В 2020 году Рабадан опубликовал Понимание коронавируса в издательстве Кембриджского университета. Книга представляет собой краткое и доступное введение, которое дает ответы на наиболее распространенные вопросы, касающиеся коронавируса, для широкой аудитории, включая введение о происхождении и эволюции этого вируса, связи с SARS и другими респираторными вирусами, среди прочего.

Рекомендации

  1. ^ Трифонов В., Хиабанян Х., Гринбаум Б. и Рабадан Р. Происхождение недавнего вируса свиного гриппа A (H1N1), инфицирующего людей. Euro Surveill 14 (2009 г.).
  2. ^ Трифонов, В .; Хиабанян, Х .; Рабадан, Р. (2009). «Географическая зависимость, эпиднадзор и происхождение вируса гриппа A (H1N1) 2009 г.». N Engl J Med. 361 (2): 115–119. Дои:10.1056 / NEJMp0904572.
  3. ^ Tiacci, E .; и другие. (2011). «Мутации BRAF при волосисто-клеточном лейкозе». N Engl J Med. 364 (24): 2305–2315. Дои:10.1056 / NEJMoa1014209. ЧВК  3689585. PMID  21663470.
  4. ^ Pasqualucci, L .; и другие. (2011). «Инактивирующие мутации генов ацетилтрансфераз при В-клеточной лимфоме». Природа. 471 (7337): 189–195. Дои:10.1038 / природа09730. ЧВК  3271441. PMID  21390126.
  5. ^ Pasqualucci, L .; и другие. (2011). «Анализ кодирующего генома диффузной В-крупноклеточной лимфомы». Нат Жене. 43 (9): 830–837. Дои:10,1038 / нг.892. ЧВК  3297422. PMID  21804550.
  6. ^ Van Vlierberghe, P .; и другие. (2010). «Мутации PHF6 при остром лимфобластном лейкозе Т-клеток». Нат Жене. 42 (4): 338–342. Дои:10,1038 / нг.542. ЧВК  2847364. PMID  20228800.
  7. ^ Цонева, Г .; и другие. (2013). «Активирующие мутации в гене нуклеотидазы NT5C2 приводят к устойчивости к химиотерапии при рецидиве ОЛЛ». Нат Мед. 19 (3): 368–371. Дои:10,1038 / 3078 нм. ЧВК  3594483. PMID  23377281.
  8. ^ Росси, Д. и др. Мутации NOTCH1 являются независимым предиктором выживаемости при хроническом лимфолейкозе. Кровь 119, 521-529, Дои:10.1182 / blood-2011-09-379966 (2012).
  9. ^ Росси, Д .; и другие. (2012). «Комплексный мутационный и цитогенетический анализ позволяет выявить новые прогностические подгруппы при хроническом лимфолейкозе». Кровь. 121 (8): 1403–1412. Дои:10.1182 / кровь-2012-09-458265. PMID  23243274.
  10. ^ Росси, Д .; и другие. (2011). «Мутации фактора сплайсинга SF3B1 при хроническом лимфолейкозе: связь с прогрессированием и рефрактерностью к флударабину». Кровь. 118 (26): 6904–6908. Дои:10.1182 / кровь-2011-08-373159. ЧВК  3245210. PMID  22039264.
  11. ^ Джигуанг Ван, Хоссейн Киабанян, Давиде Росси, Джулия Фаббри, Вальтер Гаттей, Франческо Форкони, Лука Лауренти, Роберто Мараска, Джованни Дель Поэта, Робин Фоа, Лаура Паскуалуччи, Джанлука Гайдано, Рауль Рабадан. Графики эволюции опухолей и история хронического лимфолейкоза. eLife 2014 Dec 11; Дои:10.7554 / eLife.02869 PMID  25496728.
  12. ^ Росси, Д .; и другие. (2012). «Кодирующий геном лимфомы маргинальной зоны селезенки: активация NOTCH2 и других путей, регулирующих развитие маргинальной зоны». J Exp Med. 209 (9): 1537–1551. Дои:10.1084 / jem.20120904. ЧВК  3428941. PMID  22891273.
  13. ^ Singh, D. et al. Трансформирующие слияния генов FGFR и TACC в глиобластоме человека. Наука, Дои:10.1126 / наука.1220834.
  14. ^ Джигуанг Ван, Эмануэла Каззато, Эрик Ладевиг, Вероник Фраттини, Даниэль С. Розенблум, Сакеллариос Заирис, Франческо Абате, Чжаоци Лю, Оливер Эллиотт, Юн-Джэ Шин, Джин-Ку Ли, Ин-Хи Ли, Вун-Янг Парк, Марика Эоли, Эндрю Блумберг, Анна Ласорелла, До-Хён Нам, Гаэтано Финоккиаро, Антонио Явароне, Рауль Рабадан, Клональная эволюция глиобластомы под воздействием терапии, Nature Genetics, 2016 6 июня. Дои:10,1038 / нг.3590.
  15. ^ Вероника Фраттини, Владимир Трифонов, Джозеф Минхоу Чан, Анжелика Кастано, Мари Лиа, Франческо Абате, Стивен Т. Кейр, Алан Х. Джи, Пьетро Дзопполи, Франческо Ниола, Карла Данусси, Игорь Долгалев, Паола Поррати, Серена Пеллегатта, Адриана Эги, Гаурав Гупта, Дэвид Дж. Писапиа, Питер Кэнолл, Джеффри Н. Брюс, Роджер Э. МакЛендон, Хай Ян, Кен Алдапе, Гаэтано Финоккиаро, Том Миккельсен, Гилберт Г. Приве, Дарелл Д. Бигнер, Анна Ласорелла, Рауль Рабадан, Антонио Явароне. Комплексный ландшафт геномных изменений драйвера в глиобластоме. Nature Genetics 2013 5 августа. Дои:10.1038 / ng.2734. ЧВК  3677224.
  16. ^ E. Pefanis, J. Wang, G. Rothschild, J. Lim, J. Chao, R. Rabadan, AN. Экономидес, У. Басу. Транскрипция антисмысловой некодирующей РНК нацелена на AID для дивергентно транскрибируемых генов в геноме В-клеток. Природа 514, 389–393 (соавторы).
  17. ^ Эвангелос Пефанис, Джигуанг Ван, Герсон Ротшильд, Джунгхён Лим, Дэвид Казади, Джианбо Сун, Александер Федери, Хайме Чао, Оливер Эллиотт, Чжи-Пинг Лю, Арис Н. Экономидес, Джеймс Э. Брэднер, Рауль Рабадан, Уттия Басу. РНК-экзосома-регулируемая длинная некодирующая транскрипция РНК контролирует активность суперэнхансера. Клетка 2015 Май; Дои:10.1016 / j.cell.2015.04.034
  18. ^ Chan, J.M .; Carlsson, G .; Рабадан, Р. (2013). «Топология вирусной эволюции». Proc Natl Acad Sci U S A. 110 (46): 18566–18571. Дои:10.1073 / pnas.1313480110. PMID  24170857.
  19. ^ К. Эммет, Р. Р. Характеризация шкал генетической рекомбинации и устойчивости к антибиотикам у патогенных бактерий с использованием анализа топологических данных. Конспект лекций по информатике (LNCS) (2014).
  20. ^ Камара, Пабло Дж .; Rosenbloom, Daniel I. S .; Эммет, Кевин Дж .; Левин, Арнольд Дж .; Рабадан, Рауль (2016). «Мелкомасштабное разрешение рекомбинации человека с использованием анализа топологических данных». Сотовые системы. 3 (1): 83–94. Дои:10.1016 / j.cels.2016.05.008. ЧВК  4965322. PMID  27345159.
  21. ^ С. Заирис, А. Блумберг, Х. Хиабанян, Р. Рабадан. Пространства модулей филогенетических деревьев, описывающих паттерны эволюции опухолей. Конспект лекций по информатике (LNCS) 2014. Том 8609, стр 528-539. 2.
  22. ^ Ризви, Аббас Х .; Камара, Пабло Дж .; Кандрор, Елена К .; Робертс, Томас Дж .; Schieren, Ира; Маниатис, Том; Рабадан, Рауль (июнь 2017 г.). «Одноклеточный топологический анализ РНК-seq раскрывает понимание клеточной дифференциации и развития». Природа Биотехнологии. 35 (6): 551–560. Дои:10.1038 / nbt.3854. ISSN  1546-1696. ЧВК  5569300. PMID  28459448.

внешняя ссылка