Terriglobus roseus - Terriglobus roseus
| Terriglobus roseus | |
|---|---|
Научная классификация  | |
| Домен: | Бактерии |
| Тип: | Ацидобактерии |
| Учебный класс: | Ацидобактерии |
| Заказ: | Ацидобактерии |
| Семья: | Acidobacteriaceae |
| Род: | Терриглобус |
| Разновидность: | T. roseus |
| Биномиальное имя | |
| Terriglobus roseus | |
Terriglobus roseus это бактерия принадлежащий подразделению 1 Ацидобактерии phylum и близок к родам Грануличелла и Эдафобактер.[1] T. roseus был первым видом, признанным в роду Терриглобус в 2007.[2] Этот вид бактерий чрезвычайно многочислен и разнообразен на сельскохозяйственных почвах. T. roseus представляет собой аэробную грамотрицательную удочку с недостаточной подвижностью. Эти бактерии могут продуцировать внеклеточные полимерные вещества (EPS) с образованием биопленки или внеклеточного матрикса для защиты, коммуникации между соседними клетками и т. Д. Его типовой штамм - KBS 63.[1]
Как следует из названия, на твердой среде бактериальные колонии производят розовую пигментацию, что указывает на присутствие каротиноидов. T. roseus лучше всего растет при комнатной температуре (23 ° C) в жидкой среде, называемой R2B, содержащей пептон, казаминовые кислоты, дрожжевой экстракт, глюкоза, растворимый крахмал, пируват натрия и неорганические соли. Несмотря на то что T. roseus встречается в почве и донных отложениях, его очень трудно культивировать Ацидобактерии в настройках лаборатории. В настоящее время не существует достаточного количества питательной среды, позволяющей T. roseus расти в почве. Оптимальный pH для роста этого вида - pH 6, однако этот вид может выжить в кислых условиях даже при pH 5.[1]
Экология
T. roseus, общий среди всех Ацидобактерии, повсеместно распространены в почвенных средах с низкой доступностью питательных веществ и относительно широко распространены по всей почве. Его высокая распространенность в сельскохозяйственных почвах предполагает, что T. roseus играет решающую роль в круговороте питательных веществ. Способность к T. roseus Производство EPS служит множеству возможных преимуществ для этих бактерий и окружающей их среды. Производство биопленок может помочь защитить T. roseus и другие организмы, населяющие внеклеточный матрикс, собирают воду и питательные вещества для более легкого доступа и потенциально могут играть роль в формировании почвенных агрегатов, что позволит увеличить поток воды и воздуха через сообщество биопленок.[1]
Метаболизм
T. roseus является аэробный бактерия, которая каталаза положительный и оксидаза отрицательный. Хотя эти бактерии аэробны, T. roseus способен выжить при атмосферных концентрациях всего 2% кислорода. Эти бактерии химио-органотрофы, то есть они создают энергию, окисляя органическая материя, что делает их универсальными с точки зрения производства энергии. T. roseus было обнаружено окисление глюкоза, фруктоза, галактоза, манноза, ксилоза, сахароза, мальтоза, арабиноза, целлобиоза и многие другие органические соединения. Тем не мение, T. roseus не может использовать маннитол, карбоксиметилцеллюлоза, ацетат натрия, пируват натрия или мономеры лигнин соединения.[1]
В лабораторной культуре T. roseus продемонстрировал увеличение роста, коррелирующее с несколькими факторами, включая повышенный уровень углекислого газа, снижение доступности питательных веществ и источников углерода, а также дополнительных полимерных субстратов для стимуляции роста и активности ферментов, таких как ксилан и хитозан. T. roseus имеет медленную скорость роста, что позволяет предположить, что эти бактерии являются олиготрофными микроорганизмами.[1]
Геномные особенности
Геном T. roseus составляет почти 5,25 миллиона пар оснований с содержанием GC 60%. Его геном имеет интересный высокий процент повторяющихся последовательностей - 18% всей ДНК.[3] T. roseus имеет две копии его рибосомной РНК 16S, что наводит на размышления о том, что T. roseus является олиготрофом, в дополнение к его медленной скорости роста и низким источникам питательных веществ.[1] Предыдущее исследование показало корреляцию между количеством копий 16S рРНК и относительный метаболизм в организме.[4] Низкое количество копий 16S рРНК в T. roseus поддерживает медленный рост бактерий.[1]
Хотя количество исследований, проводимых на Ацидобактерии, необходимы дополнительные исследования, чтобы лучше понять, как эти бактерии T. roseus в частности, внести свой вклад в окружающую среду.
Рекомендации
- ^ а б c d е ж грамм час я Эйхорст, С.А., Брезнак, Дж. А., Шмидт, Т. «Выделение и характеристика почвенных бактерий, определяющих Терриглобус ген. nov., в типе Acidobacteria. "Appl. Environ. Microbiol. (2007) 73: 2708-2717
- ^ "Полная последовательность генома Terriglobus saanensis Типовой штамм SP1PR4 T, ацидобактерии из тундровой почвы ».
- ^ "Следующее поколение данных секвенирования определенного микробного имитационного сообщества".
- ^ Число копий оперона рРНК отражает экологические стратегии бактерий
1. Эйхорст, Стефани А., Джон А. Брезнак и Томас М. Шмидт. «Выделение и характеристика почвенных бактерий, определяющих Терриглобус Gen. Nov., in the Phylum Acidobacteria. "Applied and Environmental Microbiology. Американское общество микробиологов, 15 апреля 2007 г. Интернет. 11 декабря 2018 г."
2. ^ Суман Р. Рават, Минна К. Мяннистё, Валентин Старовойтов, Линн Гудвин, Мэтт Нолан, Лорен Хаузер, Мириам Лэнд, Карен Уолстон Давенпорт, Таня Войке и Макс М. Хэггблом. "Полная последовательность генома Terriglobus saanensis Type Strain SP1PR4 T, Acidobacteria from Tundra Soil. "Стандарты в области геномных наук. BioMed Central, 10 октября 2012 г. Интернет. 11 декабря 2018 г."
3. Певица, Эстер, Билл Андреопулос, Роберт М. Бауэрс, Джейни Ли, Света Дешпанде, Дженнифер Чиники, Дойна Чобану, Ханс-Питер Кленк, Мэтью Зейн, Кристофер Даум, Алисия Клам, Ян-Фанг Ченг, Алекс Коупленд и Таня Войке. "Следующее поколение данных секвенирования определенного микробного имитационного сообщества". Новости природы. Издательская группа Nature, 27 сентября 2016 г. Интернет. 11 декабря 2018 г.
4. Клаппенбах Дж. А., Дж. М. Данбар и Т. М. Шмидт. 2000. Число копий оперона рРНК отражает экологические стратегии бактерий. Appl. Environ. Микробиол. 66: 1328–1333.