ARHGEF7 - ARHGEF7

ARHGEF7
Доступные конструкции PDB Поиск ортолога: PDBe RCSB Список идентификационных кодов PDB 1BY1, 1ZSG, 2L3G
Идентификаторы
Псевдонимы	ARHGEF7, BETA-PIX, COOL-1, COOL1, Nbla10314, P50, P50BP, P85, P85COOL1, P85SPR, PAK3, PIXB, фактор обмена нуклеотидов гуанина 7
Внешние идентификаторы	OMIM: 605477 MGI: 1860493 ГомолоГен: 2895 Генные карты: ARHGEF7
Расположение гена (человек) Chr. Хромосома 13 (человек)[1] Группа 13q34 Начните 111,114,559 бп[1] Конец 111,305,737 бп[1]
Расположение гена (Мышь) Chr. Хромосома 8 (мышь)[2] Группа 8 | 8 A1.1 Начните 11,727,721 бп[2] Конец 11,835,219 бп[2]
Экспрессия РНК шаблон Дополнительные данные эталонного выражения
Генная онтология Молекулярная функция • GO: 0001948 связывание с белками • активность фактора обмена гуанил-нуклеотидов • Активность фактора обмена гуанил-нуклеотидов Rho • связывание протеинкиназы Сотовый компонент • цитоплазма • цитозоль • проекция клетки • очаговая адгезия • взъерошить • клеточная мембрана • соединение клеток • тело нейрональной клетки • клеточная кора • проекция нейрона • вакуоль хранения • ламеллиподиум • внутриклеточный Биологический процесс • регуляция связывания GTP • GO: 0007243 внутриклеточная передача сигнала • отрицательная регуляция сигнального пути рецептора эпидермального фактора роста • положительная регуляция морфогенеза ламеллиподии • Организация Гольджи • сигнальный путь рецептора эфрина • развитие нервной системы • узел фокальной адгезии • положительная регуляция распространения клеток, зависящих от адгезии субстрата • положительное регулирование секреции гормона роста • дифференцировка гемопоэтических клеток-предшественников • положительная регуляция апоптотического процесса • положительное регулирование связывания белков • регуляция передачи сигнала белка Rho • регуляция передачи сигнала, опосредованного малой GTPase • положительная регуляция миграции фибробластов • преобразование сигнала • ламеллиподиум в сборе • GO: 0032320, GO: 0032321, GO: 0032855, GO: 0043089, GO: 0032854 положительная регуляция активности GTPase • Путь передачи сигналов рецептора, сопряженного с G-белком Источники:Amigo / QuickGO
Ортологи
Виды	Человек	Мышь
Entrez	8874	54126
Ансамбль	ENSG00000102606	ENSMUSG00000031511
UniProt	Q14155	Q9ES28
RefSeq (мРНК)	NM_001113511 NM_001113512 NM_001113513 NM_003899 NM_145735 NM_001320851 NM_001320852 NM_001320853 NM_001320854 NM_001330597 NM_001330598 NM_001354046 NM_001354047 NM_001354048 NM_001354049 NM_001354050 NM_001354051 NM_001354052 NM_001354053 NM_001354054 NM_001354055 NM_001354056 NM_001354057 NM_001354058 NM_001354059 NM_001354060 NM_001354061	NM_001113517 NM_001113518 NM_017402 NM_001372321 NM_001372322 NM_001372323 NM_001372324 NM_001372325 NM_001372326
RefSeq (белок)	NP_001106983 NP_001106984 NP_001106985 NP_001307780 NP_001307781 NP_001307782 NP_001307783 NP_001317526 NP_001317527 NP_003890 NP_663788 NP_001340975 NP_001340976 NP_001340977 NP_001340978 NP_001340979 NP_001340980 NP_001340981 NP_001340982 NP_001340983 NP_001340984 NP_001340985 NP_001340986 NP_001340987 NP_001340988 NP_001340989 NP_001340990 NP_001106985.1 NP_003890.1 NP_001307780.1	NP_001106989 NP_001106990 NP_059098 NP_001359250 NP_001359251 NP_001359252 NP_001359253 NP_001359254 NP_001359255
Расположение (UCSC)	Chr 13: 111.11 - 111.31 Мб	Chr 8: 11.73 - 11.84 Мб
PubMed поиск	[3]	[4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человека Просмотр / редактирование мыши

Фактор обмена нуклеотидов гуанина 7 это белок что у людей кодируется ARHGEF7 ген.^[5][6][7][8]

ARHGEF7 широко известен как п21-аактивированная протеинкиназа еИксизменить фактор альфа (бета-PIX или βPIX), потому что он был идентифицирован путем связывания с p21-активированная киназа (PAK) а также содержит фактор обмена гуаниновых нуклеотидов домен.^[6]

Домены и функции

βPIX - это мультидоменный белок, который функционирует как сигнализация каркасный белок и как фермент.^[9] βPIX разделяет эту доменную структуру и сигнальную функцию с очень похожими ARHGEF6 / αPIX белок.

βPIX подвергается обширному альтернативному сплайсингу для создания множества вариантов белков, содержащих или не содержащих определенные домены белка.^[9] У взрослых форм отсутствует аминоконцевой домен CH, и два основных взрослых варианта имеют альтернативную концевую карбоксильную область (обозначенную β1 и β2): формы β1 содержат домен тримеризации спиральной спирали и мотив PDZ-мишени для связывания с белками PDZ (см. ниже), а в формах β2 отсутствуют как домены, так и соответствующие им функции.^[9]

βPIX содержит центральную DH / PH домен RhoGEF который функционирует как фактор обмена гуаниновых нуклеотидов (GEF) для малые GTPases из Семья Ро, и в частности Rac и Cdc42.^[6] Как и другие GEF, βPIX может способствовать как высвобождению ВВП из неактивного малого GTP-связывающего белка и связывания GTP способствовать его активации. Сигнальные каркасы связываются с конкретными партнерами, способствуя эффективной передаче сигнала, располагая последовательные элементы пути рядом друг с другом для облегчения взаимодействия / передачи информации, а также удерживая эти белковые комплексы-партнеры в определенных местах внутри клетки для обеспечения локальной или региональной передачи сигналов. В случае βPIX его SH3 домен связывается с белками-партнерами с соответствующими мотивами полипролина, особенно с группой I p21-активированные киназы (PAK) (PAK1, PAK2 и PAK3 ).^[6] PAK связывается с доменом βPIX SH3 в неактивном состоянии, и связывание активированного Rac1 или Cdc42 с этим PAK стимулирует его протеинкиназа активность, ведущая к последующему целевому белку фосфорилирование; поскольку βPIX может активировать малые GTPases Rac1 или Cdc42 «p21’ »посредством своей активности GEF, этот комплекс βPIX / PAK / Rac является примером функции каркаса.

Структурно βPIX собирается в виде тримеров через домен спиральной спирали с карбоксильным концом, который присутствует в основном варианте сплайсинга с карбоксильным концом β1, и далее взаимодействует с димерами GIT1 или GIT2 через соседний GIT-связывающий домен с образованием олигомерных комплексов GIT-PIX.^[9] Посредством этого комплекса GIT-PIX роль каркаса βPIX усиливается за счет способности удерживать партнеров GIT вблизи от партнеров βPIX. Напротив, варианты β2-карбоксильных концов лишены этой области спиральной спирали и, как предполагается, неспособны тримеризоваться. Вариант β1 основного карбоксильного конца также имеет PDZ домен связывающий целевой мотив, который связывается с доменами PDZ в ХВОСТОВИК1,^[10] каракули,^[11] и SNX27^[12] белки. Некоторые варианты сплайсинга βPIX содержат аминоконцевой Домен гомологии кальпонина (CH) чьи функции остаются относительно плохо определенными, но могут взаимодействовать с семейство парвин / аффиксин белки. ^[13][9] Варианты βPIX с этим расширенным аминоконцевым доменом CH наиболее сильно экспрессируются в начале развития, но редко появляются после рождения.^[9]

Взаимодействия

Сообщалось, что βPIX взаимодействует более чем со 120 белками.^[9][14]

Основные взаимодействующие белки включают:

• Сама по себе, или очень связанные ARHGEF6 / αPIX через взаимодействие тримерной спирали.
• GIT1 или GIT2 димеры через GIT-связывающий домен.
• p21-активированные киназы (PAKs) 1, 2 и 3 через домен SH3.
• c-Cbl через домен SH3.
• Семейство Rho Семейство GTP-связывающих белков члены Rac1 и Cdc42, активируется через DHPH Домен RhoGEF.
• Адаптеры нейронных синапсов ХВОСТОВИК1, ХВОСТОВИК2, и ХВОСТОВИК3 через ПДЗ
• Каракули через ПДЗ
• SNX27 через ПДЗ

Смотрите также

• Семейство Rho GTPases
• Каркасный белок
• Фактор обмена гуаниновых нуклеотидов

использованная литература

1. ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000102606 - Ансамбль, Май 2017
2. GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000031511 - Ансамбль, Май 2017
3. "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
4. "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
5. Oh WK, Yoo JC, Jo D, Song YH, Kim MG, Park D (июль 1997 г.). «Клонирование SH3-домена, содержащего богатый пролином протеин, p85SPR, и его локализация в фокальной адгезии». Сообщения о биохимических и биофизических исследованиях. 235 (3): 794–798. Дои:10.1006 / bbrc.1997.6875. PMID  9207241.
6. Manser E, Loo TH, Koh CG, Zhao ZS, Chen XQ, Tan L, Tan I, Leung T, Lim L (июль 1998 г.). «Киназы PAK напрямую связаны с семейством факторов обмена нуклеотидов PIX». Молекулярная клетка. 1 (2): 183–192. Дои:10.1016 / S1097-2765 (00) 80019-2. PMID  9659915.
7. Багродиа С., Тейлор С.Дж., Джордон К.А., Ван Элст Л., Церионе Р.А. (октябрь 1998 г.). «Новый регулятор р21-активируемых киназ». Журнал биологической химии. 273 (37): 23633–23636. Дои:10.1074 / jbc.273.37.23633. PMID  9726964.
8. "Ген Entrez: ARHGEF7 фактор обмена гуаниновых нуклеотидов (GEF) 7".
9. Чжоу В., Ли Х, Премонт RT (май 2016 г.). «Расширение функций GIT Arf GTPase-активирующих белков, факторов обмена нуклеотидов PIX Rhoguanine и комплексов GIT-PIX». Журнал клеточной науки. 129 (10): 1963–1974. Дои:10.1242 / jcs.179465. ЧВК  6518221. PMID  27182061.
10. Пак Э, На М, Чхве Дж., Ким С., Ли Дж. Р., Юн Дж., Пак Д., Шэн М., Ким Э (2003). «Семейство белков постсинаптической плотности Shank взаимодействует и способствует синаптическому накоплению фактора обмена гуаниновых нуклеотидов бета PIX на Rac1 и Cdc42». J. Biol. Chem. 278 (21): 19220–9. Дои:10.1074 / jbc.M301052200. PMID  12626503.
11. Audebert S, Navarro C, Nourry C, Chasserot-Golaz S, Lecine P, Bellaiche Y, Dupont JL, Premont RT, Sempere C, Strub JM, Van Dorsselaer A, Vitale N, Borg JP (июнь 2004 г.). «Mammalian Scribble образует плотный комплекс с фактором обмена betaPIX». Текущая биология. 14 (11): 987–995. Дои:10.1016 / j.cub.2004.05.051. PMID  15182672.
12. Вальдес Дж. Л., Тан Дж., Макдермотт М. И., Куо Дж. К., Циммерман С. П., Винкович С. М., Уотерман С. М., Милграм С. Л., Плейфорд М. П. (ноябрь 2011 г.). «Сортировка белка nexin 27 регулирует транспортировку p21-активированной киназы (PAK), взаимодействующей с фактором обмена (β-Pix) -G протеин-связанный рецепторный белок, взаимодействующий с киназой (GIT), через взаимодействие PDZ-домена». Журнал биологической химии. 286 (45): 39403–39416. Дои:10.1074 / jbc.M111.260802. ЧВК  3234764. PMID  21926430.
13. Розенбергер Г., Янтке И., Гал А., Куче К. (2003). «Взаимодействие alphaPIX (ARHGEF6) с бета-парвином (PARVB) предполагает участие alphaPIX в передаче сигналов, опосредованной интегрином». Молекулярная генетика человека. 12 (2): 155–167. Дои:10.1093 / hmg / ddg019. PMID  12499396.
14. «Сводка результатов ARHGEF7».

дальнейшее чтение

• Тернер К.Э., Браун М.С., Перротта Дж. А., Риди М. С., Николопулос С. Н., Макдональд А. Р., Багродиа С., Томас С., Левенталь П. С. (1999). «Мотив паксиллина LD4 связывает PAK и PIX через новый анкириновый повтор 95 кДа, белок ARF-GAP: роль в ремоделировании цитоскелета». J. Cell Biol. 145 (4): 851–63. Дои:10.1083 / jcb.145.4.851. ЧВК  2133183. PMID  10330411.
• Багродиа С., Бейли Д., Ленард З., Харт М., Гуан Дж. Л., Премонт Р. Т., Тейлор С. Дж., Церионе Р. А. (1999). «Фосфорилированный тирозин белок, который связывается с важной регуляторной областью холодного семейства p21-активированных белков, связывающих киназу». J. Biol. Chem. 274 (32): 22393–400. Дои:10.1074 / jbc.274.32.22393. PMID  10428811.
• Premont RT, Claing A, Vitale N, Perry SJ, Lefkowitz RJ (2000). «Семейство GIT белков, активирующих GTPase фактора ADP-рибозилирования. Функциональное разнообразие GIT2 посредством альтернативного сплайсинга». J. Biol. Chem. 275 (29): 22373–80. Дои:10.1074 / jbc.275.29.22373. PMID  10896954.
• Ку Г.М., Яблонски Д., Мансер Е., Лим Л., Вайс А. (2001). «Комплекс PAK1-PIX-PKL активируется Т-клеточным рецептором независимо от Nck, Slp-76 и LAT». EMBO J. 20 (3): 457–65. Дои:10.1093 / emboj / 20.3.457. ЧВК  133476. PMID  11157752.
• Ко CG, Тан EJ, Manser E, Lim L (2002). «Активированная p21 киназа PAK негативно регулируется POPX1 и POPX2, парой серин / треониновых фосфатаз семейства PP2C». Curr. Биол. 12 (4): 317–21. Дои:10.1016 / S0960-9822 (02) 00652-8. PMID  11864573.
• Браун М.С., Западная Калифорния, Тернер К.Э. (2002). «Паксиллин-зависимый линкер паксиллинкиназы и p21-активируемая локализация киназы в очаговых адгезиях включает многоэтапный путь активации». Мол. Биол. Ячейка. 13 (5): 1550–65. Дои:10.1091 / mbc.02-02-0015. ЧВК  111126. PMID  12006652.
• Шин Е.Ю., Шин К.С., Ли С.С., Ву К.Н., Куан С.Х., Сунг Н.К., Ким Ю.Г., Ча Си, Ким С.Р., Пак Д., Бокоч Г.М., Ким Е.Г. (2003). «Фосфорилирование p85 beta PIX, Rac / Cdc42-специфического фактора обмена гуаниновых нуклеотидов, посредством пути Ras / ERK / PAK2 необходимо для роста нейритов, индуцированного основным фактором роста фибробластов». J. Biol. Chem. 277 (46): 44417–30. Дои:10.1074 / jbc.M203754200. PMID  12226077.
• Розенбергер Г., Янтке И., Гал А., Куче К. (2003). «Взаимодействие alphaPIX (ARHGEF6) с бета-парвином (PARVB) предполагает участие alphaPIX в передаче сигналов, опосредованной интегрином». Гм. Мол. Genet. 12 (2): 155–67. Дои:10.1093 / hmg / ddg019. PMID  12499396.
• Миньоне Ф, Грилло Дж, Люни С, Песоле Дж (2003). «Вычислительная идентификация потенциала кодирования белка консервативных тегов последовательностей посредством межвидового эволюционного анализа». Нуклеиновые кислоты Res. 31 (15): 4639–45. Дои:10.1093 / нар / гкг483. ЧВК  169873. PMID  12888525.
• Ямамото Ю., Фудзимото Ю., Араи Р., Фуджи М., Усами С., Ямада Т. (2003). «Опосредованное ретротранспозоном восстановление теломер Chlorella: накопление ретротранспозонов Zepp на концах вновь образованных минихромосом». Нуклеиновые кислоты Res. 31 (15): 4646–53. Дои:10.1093 / нар / гкг490. ЧВК  169880. PMID  12888526.
• Flanders JA, Feng Q, Bagrodia S, Laux MT, Singavarapu A, Cerione RA (2003). «Белки Cbl являются партнерами по связыванию для семейства Cool / Pix киназ-связывающих белков, активируемых p21». FEBS Lett. 550 (1–3): 119–23. Дои:10.1016 / S0014-5793 (03) 00853-6. PMID  12935897.
• Шин ЕЙ, Ву К.Н., Ли С.С., Ку Ш, Ким Ю.Г., Ким В.Дж., Бэ CD, Чанг СИ, Ким Е.Г. (2004). «Основной фактор роста фибробластов стимулирует активацию Rac1 через путь, зависимый от фосфорилирования p85 betaPIX». J. Biol. Chem. 279 (3): 1994–2004. Дои:10.1074 / jbc.M307330200. PMID  14557270.
• Лим С.С., Ким С.Х., Чон Дж. Г., Ким Дж. К., Сон В. «Регулирование фосфорилирования SPIN90 и взаимодействия с Nck посредством ERK и клеточной адгезии». J. Biol. Chem. 278 (52): 52116–23. Дои:10.1074 / jbc.M310974200. PMID  14559906.

внешние ссылки

• ARHGEF7 Информация со ссылками в Шлюз миграции ячеек
• Человек ARHGEF7 расположение генома и ARHGEF7 страница сведений о генах в Браузер генома UCSC.
• Человек PAK3 расположение генома и PAK3 страница сведений о генах в Браузер генома UCSC.