C16orf58 - C16orf58

RUSF1
Идентификаторы
ПсевдонимыRUSF1, RUS, хромосома 16 открытая рамка считывания 58, C16orf58, RUS член семьи 1
Внешние идентификаторыMGI: 2384572 ГомолоГен: 11232 Генные карты: RUSF1
Расположение гена (человек)
Хромосома 16 (человек)
Chr.Хромосома 16 (человек)[1]
Хромосома 16 (человек)
Геномное местоположение для RUSF1
Геномное местоположение для RUSF1
Группа16p11.2Начинать31,489,471 бп[1]
Конец31,509,309 бп[1]
Ортологи
РазновидностьЧеловекМышь
Entrez
Ансамбль
UniProt
RefSeq (мРНК)

NM_022744

NM_145590
NM_001360882

RefSeq (белок)

NP_073581

NP_663565
NP_001347811

Расположение (UCSC)Chr 16: 31.49 - 31.51 МбChr 7: 128,27 - 128,3 Мб
PubMed поиск[3][4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человекаПросмотр / редактирование мыши

Открытая рамка считывания 58 хромосомы 16, или же C16orf58, также известный как FLJ13638 это белок который у человека кодируется C16orf58 ген.[5] Сам ген имеет длину 18892 п.н., мРНК 2760 п.н. и последовательность белка 468 аминокислоты. Существует консервативный домен неизвестного типа, DUF647. Для этого гена еще не определена функция, но предполагается, что он находится в эндоплазматический ретикулум в цитоплазма.[6]

Распространение видов

C16orf58 имеет очень интересную консервацию, так как в нем ортологи обратно через растения и грибы. Однако он не был обнаружен в рептилии, птицы, или же амфибии. В приведенной ниже таблице показаны некоторые, но не все ортологи, обнаруженные с помощью BLAST.[7]

РазновидностьОбщее название организмаПрисоединение к NCBIИдентичность последовательностиE-значениеДлина (AA)Общее имя гена
Homo sapiensЧеловекNP_073581100%0.0468C16orf58
Equus CaballusЛошадьXP_00149551085%0.0468ПРОГНОЗ: аналогично протеину UPF0420 C16orf58
Собаки фамильярныеСобакаXP_54705485%0.0485похож на CG10338-PA
Mus musculusМышьQ91W3481%0.0466кДНК последовательность BC017158
Monodelphis domesticaОпоссумXP_00137039465%3e−160466ПРОГНОЗ: гипотетический белок
Данио рариоДаниоNP_00110392353%4e−112432гипотетический белок LOC555936
Drosophila melanogasterЛетатьNP_60989740%3e−69395CG10338
Arabidopsis thalianaThale CressAAF8128437%2e−68403Имеет сходство с продуктом гена CG10338 из Drosophila melanogaster.
Gallus gallusКурицаNP_98982325%0.361434протеинтирозинфосфатаза, рецепторный тип, U
Xenopus tropicalisЛягушкаAAI2205831%3.4268Stk19 белок
Saccharomyces cerevisiaeДрожжиEDZ7337925%0.211578YDL140Cp-подобный белок
Caenorhabditis elegansНематодаNP_50230019%3.0414гипотетический белок M18.6

Белковые взаимодействия

Хотя функция пока неизвестна, C16orf58 было показано, что он взаимодействует с тремя разными белками:

Структура

Несмотря на то, что существует несколько сайтов, которые позволяют делать прогнозы о структуре белка, структура C16orf58 еще не известна. При этом есть по крайней мере один трансмембранный домен, если не больше. В структуре белка есть несколько протяженных участков с незаряженными аминокислотами, это могут быть возможные трансмембранные домены или гидрофобный ядра.[6] Ниже показан заряд каждой из аминокислот в последовательности белка: + для положительного, - для отрицательного и 0 для незаряженного. Обратите внимание, что большие сегменты незаряженных аминокислот выделены жирным шрифтом. Эти участки незаряженных аминокислот сохраняются через далекие ортологи.

      1  00—000-00 000-00000- 0+00+000-0 0000-0000+ 00000+0000 +0-0+-00-0      61  0000000000 0000000000 000-0000-0 000000-000 0000000000 0000000000     121  0000+00000 0000000+-0 00000+0000 00+00+0-00 0+00+000-0 00-00000-0     181  0000000000 000000000+ 0000000000 +00000000+ +0000-000+ -000-00000     241  0000000000 0000000000 0000000000 000000+00+ 0000-000-0 +0+000+000     301  0+0-00-000 00+0-00000 0000000000 0000+00000 0-00000-00 0-000000-0     361  0000000000 0+000+000+ 0000000000 000-00000- 0—0+0+0+0 00++-00000     421  +-00-00-00 00+00+000- 000+0-+000 -00-0+0000 000-++00

Рекомендации

  1. ^ а б c ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000140688 - Ансамбль, Май 2017
  2. ^ а б c GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000030780 - Ансамбль, Май 2017
  3. ^ "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  4. ^ "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  5. ^ "Entrez Gene: C16orf58". Получено 6 мая 2009.
  6. ^ а б "SDSC Biology Workbench". Суперкомпьютерный центр Сан-Диего. Получено 2009-05-07.
  7. ^ "BLAST: Базовый инструмент поиска местного выравнивания". Национальный центр биотехнологической информации, Национальные институты здравоохранения США. Получено 2009-05-07.
  8. ^ "STRING: функциональные сети ассоциации белков". EMBL.de. Получено 2009-05-07.
  9. ^ «Ген Entrez: мевалонат (дифосфо) декарбоксилаза MVD». Получено 6 мая 2009.
  10. ^ а б "монетная база". Архивировано из оригинал на 2006-05-06. Получено 2009-05-07.
  11. ^ "Энтрез Ген: BSCL2 Врожденная липодистрофия Бернардинелли-Зейпа 2 (сейпин)". Получено 6 мая 2009.
  12. ^ "Ген Entrez: TSC22D4 Доменное семейство TSC22, член 4". Получено 6 мая 2009.

внешняя ссылка