DDX47 - DDX47

DDX47
Доступные конструкции PDB Поиск ортолога: PDBe RCSB Список идентификационных кодов PDB 3BER
Идентификаторы
Псевдонимы	DDX47, E4-DBP, HQ0256, MSTP162, RRP3, DEAD-box геликаза 47
Внешние идентификаторы	OMIM: 615428 MGI: 1915005 ГомолоГен: 6092 Генные карты: DDX47
Расположение гена (человек) Chr. Хромосома 12 (человек)[1] Группа 12p13.1 Начните 12,813,316 бп[1] Конец 12,829,981 бп[1]
Расположение гена (Мышь) Chr. Хромосома 6 (мышь)[2] Группа 6 | 6 G1 Начните 135,011,612 бп[2] Конец 135,023,776 бп[2]
Генная онтология Молекулярная функция • связывание нуклеотидов • GO: 0001948 связывание с белками • гидролазная активность • Связывание АТФ • GO: 0008026 геликазная активность • связывание нуклеиновой кислоты • Связывание РНК Сотовый компонент • ядрышко • мембрана • ядро клетки • нуклеоплазма • цитоплазма Биологический процесс • обработка мРНК • внешний апоптотический сигнальный путь через рецепторы домена смерти • Раскрутка вторичной структуры РНК • Сплайсинг РНК • апоптотический процесс • обработка рРНК Источники:Amigo / QuickGO
Ортологи
Разновидность	Человек	Мышь
Entrez	51202	67755
Ансамбль	ENSG00000213782	ENSMUSG00000030204
UniProt	Q9H0S4	Q9CWX9
RefSeq (мРНК)	NM_201224 NM_016355	NM_026360
RefSeq (белок)	NP_057439 NP_957518	NP_080636
Расположение (UCSC)	Chr 12: 12,81 - 12,83 Мб	Chr 6: 135.01 - 135.02 Мб
PubMed поиск	[3]	[4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человека Просмотр / редактирование мыши

Вероятная АТФ-зависимая РНК-геликаза DDX47 является фермент что у людей кодируется DDX47 ген.^[5]

Этот ген кодирует член МЕРТВАЯ коробка семейство белков. Белки DEAD-бокса, характеризующиеся консервативным мотивом Asp-Glu-Ala-Asp (DEAD), являются предполагаемыми РНК-геликазы. Они причастны к ряду Сотовая связь процессы, включающие изменение вторичной структуры РНК, такие как перевод инициация ядерный и митохондриальный сращивание, и рибосома и сплайсосома сборка. Судя по структуре распространения, некоторые члены этой семьи участвуют в эмбриогенез, сперматогенез, и рост клеток и разделение. Белок, кодируемый этим геном, может перемещаться между ядром и цитоплазма, и имеет РНК-независимую АТФаза Мероприятия. Два альтернативно соединенных варианта транскрипта, кодирующие разные изоформы были обнаружены для этого гена.^[5]

Рекомендации

1. ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000213782 - Ансамбль, Май 2017
2. GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000030204 - Ансамбль, Май 2017
3. "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
4. «Ссылка на Mouse PubMed:». Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
5. "Ген Entrez: DDX47 DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp) полипептид 47".

дальнейшее чтение

• Маруяма К., Сугано С. (1994). «Олиго-кэппинг: простой метод замены кэп-структуры эукариотических мРНК олигорибонуклеотидами». Ген. 138 (1–2): 171–4. Дои:10.1016/0378-1119(94)90802-8. PMID  8125298.
• Судзуки Ю., Ёситомо-Накагава К., Маруяма К. и др. (1997). «Создание и характеристика полноразмерной библиотеки кДНК, обогащенной по 5'-концу». Ген. 200 (1–2): 149–56. Дои:10.1016 / S0378-1119 (97) 00411-3. PMID  9373149.
• Дверная панель J, Elston RC, Napthine S и др. (2000). "Белок E1∧E4 вируса папилломы человека типа 16 ассоциирует с предполагаемой РНК-геликазой через последовательности на его С-конце". Дж. Вирол. 74 (21): 10081–95. Дои:10.1128 / JVI.74.21.10081-10095.2000. ЧВК  102047. PMID  11024137.
• Хартли Дж. Л., Темпл Г. Ф., Браш Массачусетс (2001). «Клонирование ДНК с использованием сайт-специфической рекомбинации in vitro». Genome Res. 10 (11): 1788–95. Дои:10.1101 / гр.143000. ЧВК  310948. PMID  11076863.
• Виманн С., Вейль Б., Велленройтер Р. и др. (2001). «К каталогу генов и белков человека: секвенирование и анализ 500 новых полных белков, кодирующих кДНК человека». Genome Res. 11 (3): 422–35. Дои:10.1101 / гр. GR1547R. ЧВК  311072. PMID  11230166.
• Симпсон Дж. К., Велленройтер Р., Поустка А. и др. (2001). «Систематическая субклеточная локализация новых белков, идентифицированных с помощью крупномасштабного секвенирования кДНК». EMBO Rep. 1 (3): 287–92. Дои:10.1093 / embo-reports / kvd058. ЧВК  1083732. PMID  11256614.
• Scherl A, Couté Y, Déon C и др. (2003). «Функциональный протеомный анализ ядрышка человека». Мол. Биол. Клетка. 13 (11): 4100–9. Дои:10.1091 / mbc.E02-05-0271. ЧВК  133617. PMID  12429849.
• Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2003). «Создание и первоначальный анализ более 15 000 полноразмерных последовательностей кДНК человека и мыши». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 99 (26): 16899–903. Дои:10.1073 / pnas.242603899. ЧВК  139241. PMID  12477932.
• Ота Т., Сузуки Ю., Нисикава Т. и др. (2004). «Полное секвенирование и характеристика 21 243 полноразмерных кДНК человека». Nat. Genet. 36 (1): 40–5. Дои:10,1038 / ng1285. PMID  14702039.
• Regard JB, Scheek S, Borbiev T, et al. (2004). "Verge: новый ген раннего ответа сосудов". J. Neurosci. 24 (16): 4092–103. Дои:10.1523 / JNEUROSCI.4252-03.2004. ЧВК  6729408. PMID  15102925.
• Герхард Д.С., Вагнер Л., Фейнгольд Е.А. и др. (2004). "Статус, качество и расширение проекта NIH полноразмерной кДНК: Коллекция генов млекопитающих (MGC)". Genome Res. 14 (10B): 2121–7. Дои:10.1101 / гр.2596504. ЧВК  528928. PMID  15489334.
• Виманн С., Арльт Д., Хубер В. и др. (2004). «От ORFeome к биологии: конвейер функциональной геномики». Genome Res. 14 (10B): 2136–44. Дои:10.1101 / гр.2576704. ЧВК  528930. PMID  15489336.
• Андерсен Дж. С., Лам Ю. В., Леунг А. К. и др. (2005). «Динамика нуклеолярного протеома». Природа. 433 (7021): 77–83. Дои:10.1038 / природа03207. PMID  15635413. S2CID  4344740.
• Ли Дж. Х., Ро С. Б., Чун Т. (2005). «Белок, ассоциированный с рецептором GABAA (GABARAP), индуцирует апоптоз путем взаимодействия с полипептидом 47 DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp / His) -бокс (DDX 47)». Biotechnol. Латыш. 27 (9): 623–8. Дои:10.1007 / s10529-005-3628-2. PMID  15977068. S2CID  19960329.
• Мехрле А., Розенфельдер Х., Шупп И. и др. (2006). «База данных LIFEdb в 2006 году». Нуклеиновые кислоты Res. 34 (Выпуск базы данных): D415–8. Дои:10.1093 / nar / gkj139. ЧВК  1347501. PMID  16381901.