ГАБАРАПЛ2 - GABARAPL2

ГАБАРАПЛ2
Доступные конструкции PDB Поиск ортолога: PDBe RCSB Список идентификационных кодов PDB 4CO7
Идентификаторы
Псевдонимы	ГАБАРАПЛ2, ATG8, ATG8C, GATE-16, GATE16, GEF-2, GEF2, белок, связанный с рецептором GABA типа A, такой как 2
Внешние идентификаторы	OMIM: 607452 MGI: 1890602 ГомолоГен: 68550 Генные карты: ГАБАРАПЛ2
Расположение гена (человек) Chr. Хромосома 16 (человек)[1] Группа 16q23.1 Начните 75,566,375 бп[1] Конец 75,577,881 бп[1]
Расположение гена (Мышь) Chr. Хромосома 8 (мышь)[2] Группа 8 | 8 E1 Начните 111,940,703 бп[2] Конец 111,953,612 бп[2]
Экспрессия РНК шаблон Дополнительные данные эталонного выражения
Генная онтология Молекулярная функция • Связывание рецептора ГАМК • связывание микротрубочек • Связывание АТФазы • GO: 0001948 связывание с белками • связывание бета-тубулина • Привязка SNARE • связывание убиквитин-протеин-лигазы Сотовый компонент • цитоплазма • аппарат Гольджи • Мембрана Гольджи • внутриклеточный • аутофагосома • мембрана аутофагосомы • цитоплазматический пузырек • цитозоль Биологический процесс • положительная регуляция активности АТФазы • аутофагия • транспорт белка • отрицательная регуляция катаболического процесса протеасомных белков • опосредованный пузырьками Гольджи транспорт • макроавтофагия • GO: 0000046 Созревание аутофагосомы • сборка аутофагосом • аутофагия митохондрии • клеточный ответ на азотное голодание Источники:Amigo / QuickGO
Ортологи
Разновидность	Человек	Мышь
Entrez	11345	93739
Ансамбль	ENSG00000034713	ENSMUSG00000031950
UniProt	P60520	P60521
RefSeq (мРНК)	NM_007285	NM_026693
RefSeq (белок)	NP_009216	NP_080969
Расположение (UCSC)	Chr 16: 75,57 - 75,58 Мб	Chr 8: 111.94 - 111.95 Мб
PubMed поиск	[3]	[4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человека Просмотр / редактирование мыши

Белоподобный, связанный с рецептором гамма-аминомасляной кислоты 2 это белок что у людей кодируется ГАБАРАПЛ2 ген.^[5][6]

Взаимодействия

GABARAPL2 был показан взаимодействовать с ULK1,^[7] ATG4B,^[8][9] и FAM134B.^[10]

Рекомендации

1. ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000034713 - Ансамбль, Май 2017
2. GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000031950 - Ансамбль, Май 2017
3. "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
4. «Ссылка на Mouse PubMed:». Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
5. Xin Y, Yu L, Chen Z, Zheng L, Fu Q, Jiang J, Zhang P, Gong R, Zhao S (июнь 2001 г.). «Клонирование, паттерны экспрессии и хромосомная локализация трех человеческих и двух мышиных гомологов белка, ассоциированного с рецептором ГАМК (А)». Геномика. 74 (3): 408–13. Дои:10.1006 / geno.2001.6555. PMID  11414770.
6. "Ген Entrez: GABARAPL2 GABA (A) рецептор-подобный белок 2".
7. Окадзаки Н., Ян Дж., Юаса С., Уэно Т., Коминами Э., Масухо И., Кога Х., Мурамацу М. (декабрь 2000 г.). «Взаимодействие Unc-51-подобной киназы и белков, связанных с легкой цепью 3, связанных с микротрубочками, в головном мозге: возможная роль везикулярного транспорта в удлинении аксонов». Исследование мозга. Молекулярные исследования мозга. 85 (1–2): 1–12. Дои:10.1016 / S0169-328X (00) 00218-7. PMID  11146101.
8. Юинг Р.М., Чу П., Элизма Ф, Ли Х, Тейлор П., Клими С., Макбрум-Цераевски Л., Робинсон, доктор медицины, О'Коннор Л., Ли М., Тейлор Р., Дхарси М., Хо Й, Хейлбут А., Мур Л., Чжан S, Орнатски O, Бухман YV, Ethier M, Sheng Y, Vasilescu J, Abu-Farha M, Lambert JP, Duewel HS, Stewart II, Kuehl B, Hogue K, Colwill K, Gladwish K, Muskat B, Kinach R, Adams С.Л., Моран М.Ф., Морин Г.Б., Топалоглоу Т., Фигейз Д. (2007). «Крупномасштабное картирование белок-белковых взаимодействий человека с помощью масс-спектрометрии». Молекулярная системная биология. 3 (1): 89. Дои:10.1038 / msb4100134. ЧВК  1847948. PMID  17353931.
9. Stelzl U, Worm U, Lalowski M, Haenig C, Brembeck FH, Goehler H, Stroedicke M, Zenkner M, Schoenherr A, Koeppen S, Timm J, Mintzlaff S, Abraham C, Bock N, Kietzmann S, Goedde A, Toksöz E , Droege A, Krobitsch S, Korn B, Birchmeier W, Lehrach H, Wanker EE (сентябрь 2005 г.). «Сеть взаимодействия белок-белок человека: ресурс для аннотирования протеома». Клетка. 122 (6): 957–68. Дои:10.1016 / j.cell.2005.08.029. HDL:11858 / 00-001M-0000-0010-8592-0. PMID  16169070. S2CID  8235923.
10. Хаминец Александр; Генрих, Тереза; Мари, Мюриэль; Грумати, Паоло; Huebner, Antje K .; Акуцу, Масато; Либманн, Лутц; Штольц, Александра; Ницше, Шандор (18.06.2015). «Регуляция обновления эндоплазматического ретикулума путем избирательной аутофагии». Природа. 522 (7556): 354–358. Дои:10.1038 / природа14498. ISSN  0028-0836. PMID  26040720. S2CID  4449106.

дальнейшее чтение

• Ровер А., Киттштейн В., Маркс Ф., Гшвендт М. (июль 1999 г.). «Клонирование, экспрессия и характеристика белка, родственного A6». Европейский журнал биохимии / FEBS. 263 (2): 518–25. Дои:10.1046 / j.1432-1327.1999.00537.x. PMID  10406962.
• Сагив Ю., Легесс-Миллер А., Порат А., Элазар З. (апрель 2000 г.). «GATE-16, модулятор мембранного транспорта, взаимодействует с NSF и Golgi v-SNARE GOS-28». Журнал EMBO. 19 (7): 1494–504. Дои:10.1093 / emboj / 19.7.1494. ЧВК  310219. PMID  10747018.
• Хартли Дж. Л., Темпл Г. Ф., Браш Массачусетс (ноябрь 2000 г.). «Клонирование ДНК с использованием сайт-специфической рекомбинации in vitro». Геномные исследования. 10 (11): 1788–95. Дои:10.1101 / гр.143000. ЧВК  310948. PMID  11076863.
• Окадзаки Н., Ян Дж., Юаса С., Уэно Т., Коминами Э., Масухо Ю., Кога Х., Мурамацу М. (декабрь 2000 г.). «Взаимодействие Unc-51-подобной киназы и связанных с микротрубочками белков легкой цепи 3, связанных белков в головном мозге: возможная роль везикулярного транспорта в удлинении аксонов». Исследование мозга. Молекулярные исследования мозга. 85 (1–2): 1–12. Дои:10.1016 / S0169-328X (00) 00218-7. PMID  11146101.
• Симпсон Дж. С., Велленройтер Р., Поустка А., Пепперкок Р., Виманн С. (сентябрь 2000 г.). «Систематическая субклеточная локализация новых белков, идентифицированных с помощью крупномасштабного секвенирования кДНК». EMBO отчеты. 1 (3): 287–92. Дои:10.1093 / embo-reports / kvd058. ЧВК  1083732. PMID  11256614.
• Танида И., Танида-Мияке Э., Нишитани Т., Комацу М., Ямазаки Х., Уэно Т., Коминами Э. (март 2002 г.). «Мышиный Apg12p имеет предпочтение субстрата для мышиного Apg7p по сравнению с тремя гомологами Apg8p». Сообщения о биохимических и биофизических исследованиях. 292 (1): 256–62. Дои:10.1006 / bbrc.2002.6645. PMID  11890701.
• Scherz-Shouval R, Sagiv Y, Shorer H, Elazar Z (апрель 2003 г.). «COOH-конец GATE-16, модулятора транспорта внутри Гольджи, расщепляется цистеиновой протеазой человека HsApg4A». Журнал биологической химии. 278 (16): 14053–8. Дои:10.1074 / jbc.M212108200. PMID  12473658.
• Wiemann S, Arlt D, Huber W., Wellenreuther R, Schleeger S, Mehrle A, Bechtel S, Sauermann M, Korf U, Pepperkok R, Sültmann H, Poustka A (октябрь 2004 г.). «От ORFeome к биологии: конвейер функциональной геномики». Геномные исследования. 14 (10B): 2136–44. Дои:10.1101 / гр.2576704. ЧВК  528930. PMID  15489336.
• Руал Дж. Ф., Венкатесан К., Хао Т., Хирозане-Кишикава Т., Дрикот А., Ли Н., Беррис Г. Ф., Гиббонс Ф. Д., Дрезе М., Айви-Гедехуссу Н., Клитгорд Н., Саймон К., Боксем М., Мильштейн С., Розенберг Дж., Голдберг DS, Zhang LV, Wong SL, Franklin G, Li S, Albala JS, Lim J, Fraughton C, Llamosas E, Cevik S, Bex C, Lamesch P, Sikorski RS, Vandenhaute J, Zoghbi HY, Smolyar A, Bosak S, Sequerra R, Doucette-Stamm L, Cusick ME, Hill DE, Roth FP, Vidal M (октябрь 2005 г.). «К карте протеомного масштаба сети взаимодействия белок-белок человека». Природа. 437 (7062): 1173–8. Дои:10.1038 / природа04209. PMID  16189514. S2CID  4427026.
• Соу Ю.С., Танида И., Комацу М., Уэно Т., Коминами Э. (февраль 2006 г.). «Фосфатидилсерин в дополнение к фосфатидилэтаноламину является мишенью in vitro для модификаторов Atg8 млекопитающих, LC3, GABARAP и GATE-16». Журнал биологической химии. 281 (6): 3017–24. Дои:10.1074 / jbc.M505888200. PMID  16303767.
• Мехрле А., Розенфельдер Х., Шупп И., дель Валь С., Арльт Д., Хане Ф., Бектель С., Симпсон Дж., Хофманн О., Хиде В., Глаттинг К. Х., Хубер В., Пепперкок Р., Поустка А., Виманн С. (январь 2006 г.). «База данных LIFEdb в 2006 году». Исследования нуклеиновых кислот. 34 (Проблема с базой данных): D415-8. Дои:10.1093 / nar / gkj139. ЧВК  1347501. PMID  16381901.
• Юинг Р.М., Чу П., Элизма Ф, Ли Х, Тейлор П., Клими С., Макбрум-Цераевски Л., Робинсон, доктор медицины, О'Коннор Л., Ли М., Тейлор Р., Дхарси М., Хо Й, Хейлбут А., Мур Л., Чжан S, Орнатски O, Бухман YV, Ethier M, Sheng Y, Vasilescu J, Abu-Farha M, Lambert JP, Duewel HS, Stewart II, Kuehl B, Hogue K, Colwill K, Gladwish K, Muskat B, Kinach R, Adams С.Л., Моран М.Ф., Морин Г.Б., Топалоглоу Т., Фигейз Д. (2007). «Крупномасштабное картирование белок-белковых взаимодействий человека с помощью масс-спектрометрии». Молекулярная системная биология. 3 (1): 89. Дои:10.1038 / msb4100134. ЧВК  1847948. PMID  17353931.