Генотипы - Genetypes
Генотипы таксономическая концепция, предложенная в 2010 г. для описания любых генетические последовательности из типовые образцы.[1][2] Эта номенклатура объединяет молекулярная систематика и термины, используемые в биологическая таксономия. Эта номенклатура предназначена для маркировки или отметки генетических последовательностей, взятых из типовых образцов. Номенклатура генотипов предполагает, что генетические последовательности из голотип должны называться «тип гологена» (от «голотип» и «генотип»), последовательности из топотипа должны быть «типом топогена» и так далее. В дополнение генетический маркер (а) используемые должны быть включены в номенклатуру (например, парагентип ND2).
Номенклатурная система генотипов может использоваться для обозначения «золотого стандарта» последовательностей, которые из-за их прямой связи с типовыми образцами будут более надежными, чем стандартные последовательности, идентификация видов которых может быть проблематичной. Ошибочная идентификация мешает многим последовательностям GenBank[нужна цитата ] а наличие некоторых последовательностей, связанных с типовыми образцами, поможет находить ошибочные идентификации и управлять ими, а также создавать положительно идентифицированные последовательности «золотого стандарта», доступные для сравнения. Предлагается использовать эту номенклатуру в публикациях и базах данных, которые отображают или обсуждают последовательности типовых образцов.[3][2]
Примеры генотипов включают:
- Лептодермия макрофтальм митогеном типа гологена - AP011500 [4]
- Мильеринга Brooksi парагенетип COI - HM590595[5]
- Мильеринга ручья парагенетип NDI - HM590607[5]
Концепция генотипов была заменена GenSeq концепция, предложенная в 2013 году из-за некоторой путаницы среди исследователей в том, что генотипы эквивалентны именные типы.[6][требуется разъяснение ]
Смотрите также
Рекомендации
- ^ Чакрабарти, Просанта (2010). «Генотипы: концепция, помогающая объединить молекулярную систематику и традиционную систематику» (PDF). Zootaxa. 2632: 67–68.
- ^ а б Харрисон, И. Дж .; Chakrabarty, P .; Freyhof, J .; Крейг, Дж. Ф. (май 2011 г.). «Правильная номенклатура и рекомендации по сохранению и каталогизации ваучерного материала и генетических последовательностей». Журнал биологии рыб. 78 (5): 1283–1290. Дои:10.1111 / j.1095-8649.2011.02979.x. PMID 21539541.
- ^ «Инструкция JFB авторам». Журнал биологии рыб.[постоянная мертвая ссылка ]
- ^ Быркедал, Ингвар; Ян Иде Поульсен; Джон Гэлбрейт (2011). "Лептодермия макрофтальм n.sp., новый вид гладкоголовых (Otocephala: Alepocephalidae) из Срединно-Атлантического хребта » (PDF). Zootaxa. 2876: 49–56.
- ^ а б Чакрабарти, Просанта (2010). «Статус и филогения Milyeringidae (Teleostei: Gobiiformes) с описанием новой слепой пещерной рыбы из Австралии, Мильеринга ручья, п. sp " (PDF). Zootaxa. 2557: 19–28.
- ^ Чакрабарти, Просанта; Уоррен, Мелани; Пейдж, Лоуренс; Болдуин, Кэрол (2013). «GenSeq: обновленная номенклатура и рейтинг генетических последовательностей из типовых и нетиповых источников». ZooKeys (346): 29–41. Дои:10.3897 / zookeys.346.5753. ЧВК 3821064. PMID 24223486.