Проект иммунологического генома - Immunological Genome Project

Проект иммунологического генома
Содержание
Организмыиммунные клетки мыши.
Контакт
Лабораторияразличные лаборатории в США
Доступ
Интернет сайтwww.immgen.org

Проект "Иммунологический геном" (ImmGen) - совместная научная исследовательский проект который в настоящее время строит генная экспрессия база данных для всех охарактеризованных иммунных клеток мыши. Общая цель проекта - реконструировать с помощью вычислений регуляторную сеть генов в иммунных клетках.

.[1] Все данные, созданные как часть ImmGen, размещены в открытом и свободном доступе на портале ImmGen. [1].

Проект ImmGen начался в 2008 году в результате сотрудничества нескольких иммунология и вычислительная биология лабораторий в Соединенных Штатах, и завершит вторую фазу в 2017 году. В настоящее время необработанные данные и специализированные браузеры данных первого и второго этапов находятся на сайте www.ImmGen.org.

Проект

Фон

Истинное понимание дифференциация клеток в иммунная система потребует общего взгляда на транскрипционный профиль каждого тип ячейки из адаптивный и врожденный иммунных систем, и как эти профили развиваются посредством дифференциации клеток или активации иммуногенный или толерогенный лиганды. Проект ImmGen направлен на создание дорожной карты этих транскрипционных состояний.

Справочник по экспрессии генов

Первая цель ImmGen - создать компендиум полногеномных транскрипционных профилей (первоначально микрочип, теперь в основном РНК-секвенирование ) почти для всех охарактеризованных популяций клеток адаптивной и врожденной иммунной систем мышей на основных стадиях дифференцировки и активации. Эти усилия предпринимаются группой сотрудничающих иммунологических исследовательских лабораторий в США. Каждая из лабораторий обладает уникальным опытом в конкретной области. клеточная линия, и все используют стандартные процедуры для сортировка ячеек. Сборник данных микрочипов в настоящее время включает более 250 иммунологически релевантных типов клеток из всех лимфоидный органы и другие ткани, которые контролируются иммунными клетками.

Публикации

По мере накопления сборника была опубликована серия отчетов ImmGen. Описаны некоторые отчеты о конкретных линиях гемопоэтические стволовые клетки,[2] естественные клетки-киллеры,[3] нейтрофилы,[4] B и Т-клетки,[5] естественные клетки-киллеры,[6] макрофаг,[7] дендритные клетки,[8] альфа-бета-Т-клетки,[9] гамма-дельта-Т-клетки,[10] активирован CD8 Т-клетки,[11] врожденные лимфоидные клетки,[12] и лимфатический узел стромальные клетки.[13]Хотя большая часть транскрипционного профилирования была проведена на мышах B6, также изучалось влияние генетической изменчивости.[14]На втором этапе ImmGen началось профилирование активированных иммунных клеток. В интерферон ответ использовался как тестовый пример.[15]

Биоинформатическая модель регуляторной сети генов

Несколько групп сотрудничающих вычислительных биологов (Регев и Коллер) использовали данные для обратного проектирования генетическая регуляторная сеть в иммунных клетках,[16] и сравните это с иммунной системой человека [17]Первоначальный обзор дифференциальная сварка через иммунные клоны проводили с использованием как микроматриц, так и секвенирования РНК.[18]

Визуальное представление данных

Участники проекта из Брауновского университета Департамент компьютерных наук также изучает новые способы представления данных ImmGen, разрабатывая и регулируя публичное представление.

Члены

Участвующие иммунологические лаборатории включают лаборатории Бреннера (NKT, BWH, Бостон), Goldrath (активированные CD8 Т-клетки, UCSD, Сан-Диего), Канга (гамма-дельта-Т-клетки, Массачусетс, Вустер), Lanier (NK, UCSF, Сан-Франциско) , Mathis / Benoist (альфа-бета-Т-клетки, HMS, Бостон), Merad и Randolph (моноциты и макрофаги, Mount Sinai, Нью-Йоркский и Вашингтонский университет, Сент-Луис), Rossi (HSC, Children's, Boston), Turley (DC, DFCI) , Бостон) и Wagers (HSC, Джослин, Бостон).

К сожалению, Ричард (Рэнди) Харди (Fox Chase, Филадельфия), который был участником ImmGen с момента его создания, скончался в июне 2016 года.

Текущее состояние

По состоянию на август 2016 года Immgen профилировал более 250 наивных популяций клеток у мышей с помощью микрочипов и несколько десятков типов активированных клеток с помощью секвенирования РНК.

Доступ к данным

Статус проекта и подробную информацию можно увидеть по адресу (ImmGen ). Этот сайт также включает специальный браузер данных, с помощью которого пользователи могут в интерактивном режиме изучать профили экспрессии определенных генов, сети совместно регулируемых генов и гены, которые лучше всего различают разные типы клеток. Исходные данные доступны на сайте NCBI Gene Expression Omnibus. [2]

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ Хенг, Т. С., М. В. Пейнтер и С. Проект иммунологического генома (2008). «Проект иммунологического генома: сети экспрессии генов в иммунных клетках». Нат Иммунол 9 (10): 1091-1094.
  2. ^ Газит Р., Б. С. Гаррисон, Т. Н. Рао, Т. Шэй, Дж. Костелло, Дж. Эриксон, Ф. Ким, Дж. Дж. Коллинз, А. Регев, А. Дж. Вейджерс, Д. Дж. Росси и К. Проект иммунологического генома (2013). «Анализ транскриптома определяет регуляторы гемопоэтических стволовых и клеток-предшественников». Отчеты о стволовых клетках 1 (3): 266-280.
  3. ^ Коэн, Н. Р., П. Дж. Бреннан, Т. Шей, Г. Ф. Уоттс, М. Бригл, Дж. Канг, М. Б. Бреннер и К. ИммГен, проект (2013). «Общие и отдельные программы транскрипции лежат в основе гибридной природы клеток iNKT». Нат Иммунол 14 (1): 90-99.
  4. ^ Эриксон, Дж. А., П. Даффо, К. Ясуда, А. Ортис-Лопес, К. Ротамель, И. Р. Рифкин, П. А. Монах и К. ИммГен (2014). «Экспрессия генов во время генерации и активации нейтрофилов мыши: участие новых функциональных и регуляторных путей». PLoS One 9 (10): e108553.
  5. ^ Пейнтер, М. В., С. Дэвис, Р. Р. Харди, Д. Матис, К. Бенуа и С. Проект иммунологического генома (2011). «Транскриптомы линий B и T сравниваются с помощью профилирования мультиплатформенных микрочипов». J Immunol 186 (5): 3047-3057.
  6. ^ Безман, Н. А., К. С. Ким, Дж. С. Сан, Г. Мин-Оо, Д. В. Хендрикс, Ю. Камимура, Дж. А. Бест, А. В. Голдрат, Л. Л. Ланье и С. Проект иммунологического генома (2012).
  7. ^ Готье, Э.Л., Т. Шай, Дж. Миллер, М. Гретер, К. Якубзик, С. Иванов, Дж. Хелфт, А. Чоу, К. Г. Элпек, С. Гордонов, А. Р. Мазлум, А. Мааян, В. Дж. Чуа , TH Hansen, SJ Turley, M. Merad, GJ Randolph и C. Immunological Genome (2012). «Профили экспрессии генов и пути регуляции транскрипции, которые лежат в основе идентичности и разнообразия макрофагов ткани мыши». Nat Immunol 13 (11): 1118-1128.
  8. ^ Миллер, Дж. К., Б. Д. Браун, Т. Шей, Э. Л. Готье, В. Джоджик, А. Кохайн, Г. Пандей, М. Лебеф, К. Г. Элпек, Дж. Хелфт, Д. Хашимото, А. Чоу, Дж. Прайс, М. Гретер, М. Богунович, А. Беллемар-Пеллетье, П.С. Френетт, Дж. Дж. Рэндольф, С. Дж. Терли, М. Мерад и С. Иммунологический геном (2012). «Расшифровка транскрипционной сети линии дендритных клеток». Нат Иммунол 13 (9): 888-899.
  9. ^ Мингуно, М., Т. Креславский, Д. Грей, Т. Хенг, Р. Круз, Дж. Эриксон, С. Бендалл, М. Х. Спитцер, Г. П. Нолан, К. Кобаяши, Х. фон Бёмер, Д. Матис, К. Benoist, C. Immunological Genome, AJ Best, J. Knell, A. Goldrath, V. Joic, D. Koller, T. Shay, A. Regev, N. Cohen, P. Brennan, M. Brenner, F. Kim, Т. Нагесвара Рао, А. Вейджерс, Т. Хенг, Дж. Эриксон, К. Ротамель, А. Ортис-Лопес, Д. Матис, К. Бенуа, Н. А. Безман, Дж. К. Сун, Г. Мин-Оо, С. К. Ким, LL Lanier, J. Miller, B. Brown, M. Merad, EL Gautier, C. Jakubzick, GJ Randolph, P. Monach, DA Blair, ML Dustin, SA Shinton, RR Hardy, D. Laidlaw, J. Collins, R Газит, DJ Росси, Н. Мальхотра, К. Сильвия, Дж. Канг, Т. Креславский, А. Флетчер, К. Элпек, А. Бельмар-Пеллетье, Д. Малхотра и С. Терли (2013). «Транскрипционный ландшафт дифференцировки Т-лимфоцитов». Нат Иммунол 14 (6): 619-632.
  10. ^ Нараян К., Сильвия К.Э., Малхотра Н., Инь Ч., Дж. Мартенс, Т. Валлерског, Х. Корнфельд, Н. Сюн, Н. Р. Коэн, М. Б. Бреннер, Л. Дж. Берг, Дж. Канг и К. Проект иммунологического генома ( 2012). «Интратимическое программирование эффекторных судеб трех молекулярно различных подтипов гаммадельта-Т-клеток». Нат Иммунол 13 (5): 511-518.
  11. ^ Бест, Дж. А., Д. А. Блэр, Дж. Нелл, Э. Янг, В. Майя, А. Доеденс, М. Л. Дастин, А. В. Голдрат и К. Проект иммунологического генома (2013). «Транскрипционное понимание ответа CD8 (+) Т-клеток на инфекцию и образование Т-клеток памяти». Нат Иммунол 14 (4): 404-412.
  12. ^ Малхотра, Н., К. Нараян, О. Х. Чо, К. Э. Сильвия, К. Инь, Х. Меличар, М. Рашиги, В. Лефевр, Дж. Э. Харрис, Л. Дж. Берг, Дж. Канг и К. Проект иммунологического генома (2013). «Сеть факторов транскрипции группового бокса с высокой мобильностью программирует врожденное производство интерлейкина-17». Иммунитет 38 (4): 681-693.
  13. ^ Д. Малхотра, А.Л. Флетчер, Дж. Астарита, В. Лукач-Корнек, П. Таялия, С.Ф. Гонсалес, К.Г. Элпек, С.К. Чанг, К. Кноблих, М.Э. Хемлер, М.Б. Бреннер, М.К. Кэрролл, DJ Муни, С.Дж. Терли и C. Проект «Иммунологический геном» (2012). «Транскрипционное профилирование стромы воспаленных и покоящихся лимфатических узлов определяет иммунологические признаки». Нат Иммунол 13 (5): 499-510.
  14. ^ Мостафави, С., А. Ортис-Лопес, М. А. Бог, К. Хаттори, К. Поп, Д. Коллер, Д. Матис, К. Бенуа и К. Иммунологический геном (2014). «Вариация и генетический контроль экспрессии генов в первичных иммуноцитах у инбредных линий мышей». J Immunol 193 (9): 4485-4496.
  15. ^ Мостафави С., Х. Йошида, Д. Мудли, Х. ЛеБойт, К. Ротамель, Т. Радж, С. Дж. Йе, Н. Шеврие, С. Ю. Чжан, Т. Фэн, М. Ли, Дж. Л. Казанова, Дж. Д. Кларк, М. Хеген, Дж. Б. Теллиез, Н. Хакоэн, П. Л. Де Ягер, А. Регев, Д. Матис, К. Бенуа и С. Проект иммунологического генома (2016). «Анализ сети транскрипции интерферона и связанных с ней заболеваний». Ячейка 164 (3): 564-578.
  16. ^ Джойч В., Т. Шей, К. Сильвия, О. Зук, X. Сан, Дж. Канг, А. Регев и Д. Коллер (2013). «Идентификация регуляторов транскрипции в иммунной системе мышей». Нат Иммунол 14 (6): 633-643.
  17. ^ Шай Т., В. Джоджич, О. Зук, К. Ротамель, Д. Пюраймонд-Земмур, Т. Фенг, Э. Вакамацу, К. Бенуа, Д. Коллер, А. Регев и т. Д. I. Консорциум (2013). «Сохранение и расхождение в программах транскрипции иммунной системы человека и мыши». Слушания Национальной академии наук 110 (8): 2946-2951.
  18. ^ Эргун А., Дж. Доран, Дж. К. Костелло, Х. Х. Пайк, Дж. Дж. Коллинз, Д. Матис, К. Бенойст и К. ИммГен (2013). «Дифференциальный сплайсинг между линиями иммунной системы». Proc Natl Acad Sci U S A 110 (35): 14324-14329.