Список секвенированных геномов протистов - List of sequenced protist genomes

Этот список секвенированных геномов протистов содержит все протист виды, о которых известно, что они имеют общедоступные полные последовательности генома, которые были собраны, аннотированы и опубликованы; не включены ни черновики геномов, ни последовательности только органелл.

Этот список неполный; вы можете помочь добавление недостающих предметов с надежные источники.

Альвеолаты

Альвеолаты группа протистов, в которую входят Цилиофора, Apicomplexa и Динофлагеллата. Члены этой группы представляют особый интерес для науки как причины серьезных заболеваний человека и домашнего скота.

ОрганизмТипАктуальностьРазмер геномаКоличество прогнозируемых геновОрганизацияГод окончанияСтатус сборкиСсылки
Babesia bovisАпикомплексанВозбудитель крупного рогатого скота8,2 Мб3,6712007[1]
Бревиолум минутим (Симбиодиниум minutum; клады B1)ДинофлагеллятаКоралловый симбионт1,5 Гб47,014Окинавский институт науки и технологий2013[2]ПроектМорская геномика OIST[3]
Cladocopium goreaui (Симбиодиниум горори; Clade C1)ДинофлагеллятаКоралловый симбионт1.19 Гб35,913Reef Future Genomics (ReFuGe) 2020 / Университет Квинсленда2018[4]ПроектReFuGe 2020[5]
Кладокопиум C92 штамм Y103 (Симбиодиниум sp. клады C; предполагаемый тип C92)ДинофлагеллятаСимбионт фораминиферНеизвестно (размер сборки 0,70 Гб)65,832Окинавский институт науки и технологий2018[6]ПроектМорская геномика OIST[3]
Cryptosporidium hominis
Штамм: TU502		АпикомплексанЧеловеческий патоген10,4 Мб3,994[7]Университет Содружества Вирджинии2004[7]
Криптоспоридиум парвум
Изолят С- или генотипа 2		АпикомплексанЧеловеческий патоген16,5 Мб3,807[8]UCSF и Университет Миннесоты2004[8]
Эймерия тенелла
Штамм Houghton		АпикомплексанКишечный паразит домашней птицы55-60 Мб[9]Институт Wellcome Trust Sanger[10]Доступно для скачивания;[10] 2007 для Chr 1[11]
Fugacium kawagutii CS156 = CCMP2468 (Симбиодиниум Кавагути; клады F1)ДинофлагеллятаКоралловый симбионт?1.07 Гб26,609Reef Future Genomics (ReFuGe) 2020 / Университет Квинсленда2018[4]ПроектReFuGe 2020[5]
Fugacium kawagutii CCMP2468 (Симбиодиниум Кавагути; клады F1)ДинофлагеллятаКоралловый симбионт?1.18 Гб36,850Университет Коннектикута / Сямэньский университет2015[12]ПроектС. кавагути геномный проект[13]
Neospora caninumАпикомплексанВозбудитель для крупного рогатого скота и собак62 Мб[14]Институт Wellcome Trust Sanger[15]Доступно для скачивания[15]
Paramecium tetraureliaИнфузорийМодельный организм72 Мб39,642[16]Геноскоп2006[16]
Polarella Glacialis CCMP1383ДинофлагеллятаПсихрофил, Антарктика3,02 ГБ (диплоид), 1,48 ГБ (гаплоид)58,232Университет Квинсленда2020[17]ПроектUQ eSpace[18]
Polarella Glacialis CCMP2088ДинофлагеллятаПсихрофил, Арктика2,65 Гб (диплоид), 1,30 Гб (гаплоид)51,713Университет Квинсленда2020[17]ПроектUQ eSpace[18]
Плазмодий бергей
Штамм: Anka		АпикомплексанКроличья малярия18,5 Мб[19]4,900;[19] 11 654 (UniProt)
Плазмодий чабаудиАпикомплексанМалярия грызунов19,8 Мб[20]5,000[20]
Плазмодий falciparum
Клон: 3D7		АпикомплексанПатоген человека (малярия )22.9 Мб5,268[21]Консорциум проекта генома малярии2002[21]
Plasmodium knowlesiАпикомплексанВозбудитель приматов (малярия)23,5 Мб5,188[22]2008[22]
Плазмодий виваксАпикомплексанПатоген человека (малярия)26,8 Мб5,433[23]2008[23]
Плазмодий yoelii yoelii
Штамм: 17XNL		АпикомплексанВозбудитель грызунов (малярия)23,1 Мб5,878[24]TIGR и NMRC2002[24]
Симбиодиниум микроадриатикум (клад А)ДинофлагеллятаКоралловый симбионт1.1 Гб49,109Университет науки и технологий короля Абдаллы2016[25]ПроектРифовая геномика[26]
Симбиодиниум Штамм A3 Y106 (Симбиодиниум sp. клады A3)ДинофлагеллятасимбионтНеизвестно (размер сборки 0,77 Гб)69,018Окинавский институт науки и технологий2018[6]ПроектМорская геномика OIST[3]
Tetrahymena thermophilaИнфузорийМодельный организм104 Мб27,000[27]2006[27]
Theileria annulata
Клон Анкары C9		АпикомплексанВозбудитель крупного рогатого скота8,3 Мб3,792Sanger2005[28]
Theileria parva
Штамм: Мугуга		АпикомплексанВозбудитель крупного рогатого скота (Африканская лихорадка восточного побережья )8,3 Мб4,035[29]ТИГР и Международный научно-исследовательский институт животноводства2005[29]
Toxoplasma gondii
Штаммы GT1, ME49, VEG		АпикомплексанМлекопитающий возбудитель63 Мб (RefSeq)8100 (UniProt) - 9000 (EuPathDB)J. Craig Venter Inst., ТИГР, UPenn.2008[30]

Амебозоа

Амебозоа группа подвижных амебовидный протисты, члены этой группы перемещаются или кормятся посредством временных выступов, называемых ложноножки. Самый известный член этой группы - слизь который изучается веками; другие члены включают Архамебы, Tubulinea и Flabellinea. Некоторые амебозы вызывают заболевание.

ОрганизмТипАктуальностьРазмер геномаКоличество прогнозируемых геновОрганизацияГод окончания
Dictyostelium discoideum
Штамм: AX4		Слизь плесеньМодельный организм34 Мб12,500[31]Консорциум из Кельнского университета, Медицинского колледжа Бейлора и Центра Сангера2005[31]
Entamoeba histolytica
HM1: IMSS		Паразитические простейшиеПатоген человека (амебной дизентерией )23,8 Мб9,938[32]TIGR, Институт Сангера и Лондонская школа гигиены и тропической медицины2005[32]
Polysphondylium pallidum
Напряжение: PN500		Слизь плесеньМодельный организм12,939,[33] 12 350 (UniProt)Лейбниц Институт возрастных исследований2009[33]

Chromista

В Chromista представляют собой группу протистов, содержащую тип водорослей Heterokontophyta (страменопилы ), Гаптофита и Криптофита. Члены этой группы в основном изучаются в эволюционных целях.

ОрганизмТипАктуальностьРазмер геномаКоличество прогнозируемых геновОрганизацияГод окончания
Albugo laibachiiОомицетПаразит арабидопсиса, биотроф37 Мб[34]13,032[34]2011[34]
Ауреококк анофагеференс
Штамм: CCMP1984		ПелагофитОбъединенный институт генома DOE2011[35]
Bigelowiella natansХлорарахниофитМодельный организмнуклеоморф: 0.331 МБ
ядерная: 95 МБ		нуклеоморф: 373[36]
ядерная:> 21,000[37]		нуклеоморф: Институт Холла Австралия, Univ. Мельбурн, Univ. до н.э
ядерная: Университет Далхаузи, Галифакс, Новая Шотландия, Канада		2006,[36] 2012[37]
Chroomonas мезостигматика CCMP1168Криптофита2012[38]
Криптомонады парамецийКриптофита2010[39]
Эмилиания Хаксли
CCMP1516		Кокколитофора (фитопланктон )141,7 Мб[40]30,569[40]Объединенный институт генома2013[40]
Эмилиания Хаксли
RCC1217		Кокколитофора (фитопланктон )Доступно для скачивания[41]
Фрагилариопсис цилиндрДиатомовый61,1 Мб[42]21,066[42]Объединенный институт генома2017[42]
Гиллардия тетаКриптомонадыМодельный организм0.551 МБ (нуклеоморф только геном)
87 МБ (ядерный геном)		нуклеоморф: 465[43] 513, 598 (UniProt)
ядерная:> 21,000[37]		нуклеоморф: Канадский институт перспективных исследований, Филиппский университет Марбург и Университет Британской Колумбии
ядерная: Университет Далхаузи, Галифакс, Новая Шотландия, Канада		2001,[43] 2012[37]
Hemiselmis Андерсении
CCMP7644		КриптомонадыМодельный организм0.572 МБ
(нуклеоморф только геном)		472,[44] 502 (UniProt)Канадский институт перспективных исследований2007[44]
Hyaloperonospora arabidopsidisОомицетоблигатный биотроф, Арабидопсис возбудительWUGSC2010[45]
Нанохлоропис гадитана
Штамм: CCMP526		ЭустигматофитПроизводство липидов, биотехнологииИнститут биоинформатики Вирджинии2012[46]
Phaeodactylum tricornutum
Штамм: CCAP1055 / 1		Диатомовый27,4 Мб10,402Объединенный институт генома2008[47]
Phytophthora infestans
Штамм: T30-4		ОомицетВеликий голод Ирландии возбудительBroad Institute2009[48]
Phytophthora ramorumОомицетВнезапная смерть дуба возбудитель65 Мб (7x)15,743Объединенный институт генома и другие.2006[49]
Phytophthora sojaeОомицетСоя возбудитель95 Мб (9x)19,027Объединенный институт генома и другие.2006[49]
Pseudo-nitzschia многосерийныйДиатомовыйОбъединенный институт генома
Plasmodiophora brassicaeПлазмодиофоридКосолапость возбудитель25,5 Мб9,730SLU Упсала и другие.2015[50]
Pythium ultimumОомицетповсеместный патоген растений42,8 Мб15,290Университет штата Мичиган и другие.2010[51]
Thalassiosira pseudonana
Штамм: CCMP 1335		Диатомовый34,5 Мб11,242[52]Объединенный институт генома и Вашингтонский университет2004[52]

Экскавата

Экскавата группа родственных свободноживущих и симбиотических протистов; он включает Метамонада, Лукозоа, Эвгленозоа и Перколозоа. Они исследуются на предмет их роли в болезнях человека.

ОрганизмТипАктуальностьРазмер геномаКоличество прогнозируемых геновОрганизацияГод окончания
Giardia enterica (G. duodenalis сборка B)Паразитические простейшиеПатоген человека (Лямблиоз )11,7 Мб4,470[53]многоцентровое сотрудничество2009[53]
Giardia duodenalis
ATCC 50803
(Giardia duodenalis сборка А)
Паразитические простейшиеПатоген человека (Лямблиоз )11,7 Мб6,470,[54] 7 153 (UniProt)Каролинский институт, Морская биологическая лаборатория2007[54]
Leishmania braziliensis
MHOM / BR / 75M2904		Паразитические простейшиеПатоген человека (Лейшманиоз )33 Мб8,314[55]Институт Сэнгера, Universidade de São Paulo, Imperial College2007[55]
Leishmania infantum
JPCM5		Паразитические простейшиеПатоген человека (Висцеральный лейшманиоз )33 Мб8,195[55]Институт Сангера, Имперский колледж и Университет Глазго2007[55]
Leishmania major
Штамм: Фридлин		Паразитические простейшиеПатоген человека (Кожный лейшманиоз )32,8 Мб8,272[56]Институт Сэнгера и Сиэтлский институт биомедицинских исследований2005[56]
Naegleria gruberiамебофлагеллятаОтошли от других эукариот более 1 миллиарда лет назад.41 Мб[57]15,727[57]2010[57]
Влагалищная трихомонадаПаразитические простейшиеПатоген человека (Трихомониаз )160 Мб59,681[58]ТИГР2007[58]
Trypanosoma brucei
Штамм: TREU927 / 4 GUTat10.1		Паразитические простейшиеПатоген человека (Сонная болезнь )26 Мб9,068[59]Институт Сангера и ТИГР2005[59]
Trypanosoma cruzi
Штамм: CL Brener TC3		Паразитические простейшиеПатоген человека (Болезнь Шагаса )34 Мб22,570[60]TIGR, Сиэтлский институт биомедицинских исследований и Упсальский университет2005[60]

Опистоконц базальный

Опистоконц представляют собой группу эукариот, в которую входят как животные и грибы а также базальные группы, не входящие в эти группы. Эти базальные опистоконты обоснованно классифицируются как протисты и включают: хоанофлагелляты, которые являются сестринской или близкородственной группой животных.

ОрганизмТипАктуальностьРазмер геномаКоличество прогнозируемых геновОрганизацияГод окончания
Monosiga brevicollisХоанофлагеллятаблизкий родственник многоклеточных41,6 Мб9,200[61]Объединенный институт генома2007[61]

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ Брайтон К.А., Лау А.О., Херндон Д.Р., Хэнник Л., Каппмайер Л.С., Беренс С.Дж. и др. (Октябрь 2007 г.). «Последовательность генома Babesia bovis и сравнительный анализ апикомплексных гемопротозоа». Патогены PLOS. 3 (10): 1401–13. Дои:10.1371 / journal.ppat.0030148. ЧВК  2034396. PMID  17953480.
  2. ^ Сёгути Э., Синдзато Ч., Кавасима Т., Гёджа Ф., Мунгпакди С., Коянаги Р. и др. (Август 2013). «Предварительная сборка ядерного генома Symbiodinium minutum раскрывает структуру гена динофлагеллат». Текущая биология. 23 (15): 1399–408. Дои:10.1016 / j.cub.2013.05.062. PMID  23850284.
  3. ^ а б c "Морская геномика OIST". marinegenomics.oist.jp. Получено 2018-08-22.
  4. ^ а б Лю Х., Стивенс Т.Г., Гонсалес-Печ Р.А., Белтран В.Х., Лапейре Б., Бонгаертс П. и др. (2018). «Геномы симбиодиниума показывают адаптивную эволюцию функций, связанных с симбиозом кораллов и динофлагеллат». Биология коммуникации. 1: 95. Дои:10.1038 / с42003-018-0098-3. ЧВК  6123633. PMID  30271976.
  5. ^ а б "Сайт данных ReFuGe 2020". Убежище2020.reefgenomics.org. Получено 2018-09-07.
  6. ^ а б Сегучи Э., Бедесси Дж., Тада I, Хисата К., Кавасима Т., Такеучи Т. и др. (Июнь 2018). «Два расходящихся генома Symbiodinium показывают сохранение кластера генов для биосинтеза солнцезащитного крема и недавно утраченных генов». BMC Genomics. 19 (1): 458. Дои:10.1186 / s12864-018-4857-9. ЧВК  6001144. PMID  29898658.
  7. ^ а б Xu P, Widmer G, Wang Y, Ozaki LS, Alves JM, Serrano MG и др. (Октябрь 2004 г.). «Геном Cryptosporidium hominis». Природа. 431 (7012): 1107–12. Bibcode:2004 Натур.431.1107X. Дои:10.1038 / природа02977. PMID  15510150.
  8. ^ а б Abrahamsen MS, Templeton TJ, Enomoto S, Abrahante JE, Zhu G, Lancto CA и др. (Апрель 2004 г.). «Полная последовательность генома апикомплексана, Cryptosporidium parvum». Наука. 304 (5669): 441–5. Bibcode:2004Научный ... 304..441A. Дои:10.1126 / science.1094786. PMID  15044751. S2CID  26434820.
  9. ^ genedb
  10. ^ а б Sanger
  11. ^ Ling KH, Rajandream MA, Rivailler P, Ivens A, Yap SJ, Madeira AM и др. (Март 2007 г.). «Секвенирование и анализ хромосомы 1 Eimeria tenella выявили уникальную сегментарную организацию». Геномные исследования. 17 (3): 311–9. Дои:10.1101 / гр.5823007. ЧВК  1800922. PMID  17284678.
  12. ^ Lin S, Cheng S, Song B, Zhong X, Lin X, Li W и др. (Ноябрь 2015 г.). «Геном Symbiodinium kawagutii проливает свет на экспрессию гена динофлагеллат и коралловый симбиоз». Наука. 350 (6261): 691–4. Bibcode:2015Научный ... 350..691Л. Дои:10.1126 / science.aad0408. PMID  26542574.
  13. ^ "С. кавагути сайт данных ". web.malab.cn/symka_new. Получено 2018-08-22.
  14. ^ genedb
  15. ^ а б Sanger
  16. ^ а б Aury JM, Jaillon O, Duret L, Noel B, Jubin C, Porcel BM и др. (Ноябрь 2006 г.). «Глобальные тенденции полногеномных дупликаций инфузорий Paramecium tetraurelia». Природа. 444 (7116): 171–8. Bibcode:2006Натура.444..171А. Дои:10.1038 / природа05230. PMID  17086204.
  17. ^ а б Стивенс Т.Г., Гонсалес-Печ Р.А., Ченг Й., Мохамед А.Р., Берт Д.В., Бхаттачарья Д. и др. (2020). «Геномы динофлагелляты Polarella glacialis кодируют тандемно повторяющиеся гены с одним экзоном с адаптивными функциями ". BMC Биология. 18 (1): 56. Дои:10.1186 / s12915-020-00782-8. ЧВК  7245778. PMID  32448240.
  18. ^ а б Стивенс, Тимоти; Раган, Марк; Бхаттачарья, Дебашиш; Чан, Чеонг Синь (2020). "Polarella сайт данных ". Дои:10.14264 / uql.2020.222. Цитировать журнал требует | журнал = (помощь)
  19. ^ а б Ensembl entry
  20. ^ а б Ensembl entry
  21. ^ а б Гарднер М.Дж., Холл Н., Фанг Э., Уайт О, Берриман М., Хайман Р.В. и др. (Октябрь 2002 г.). «Последовательность генома малярийного паразита человека Plasmodium falciparum». Природа. 419 (6906): 498–511. Bibcode:2002Натура.419..498Г. Дои:10.1038 / природа01097. ЧВК  3836256. PMID  12368864.
  22. ^ а б Pain A, Böhme U, Berry AE, Mungall K, Finn RD, Jackson AP и др. (Октябрь 2008 г.). «Геном обезьяньего и человека малярийного паразита Plasmodium knowlesi». Природа. 455 (7214): 799–803. Bibcode:2008Натура.455..799П. Дои:10.1038 / природа07306. ЧВК  2656934. PMID  18843368.
  23. ^ а б Карлтон Дж. М., Адамс Дж. Х., Сильва Дж. К., Бидвелл С. Л., Лоренци Х., Калер Э. и др. (Октябрь 2008 г.). «Сравнительная геномика запущенного малярийного паразита человека Plasmodium vivax». Природа. 455 (7214): 757–63. Bibcode:2008Натура.455..757С. Дои:10.1038 / природа07327. ЧВК  2651158. PMID  18843361.
  24. ^ а б Carlton JM, Angiuoli SV, Suh BB, Kooij TW, Pertea M, Silva JC и др. (Октябрь 2002 г.). «Последовательность генома и сравнительный анализ модельного малярийного паразита грызунов Plasmodium yoelii yoelii». Природа. 419 (6906): 512–9. Bibcode:2002Натура. 419..512C. Дои:10.1038 / природа01099. PMID  12368865.
  25. ^ Аранда М., Ли Ю., Лью Ю.Дж., Баумгартен С., Симаков О., Уилсон М.К. и др. (Декабрь 2016 г.). «Геномы коралловых симбионтов с динофлагеллятами подчеркивают эволюционные адаптации, способствующие симбиотическому образу жизни». Научные отчеты. 6: 39734. Bibcode:2016НатСР ... 639734А. Дои:10.1038 / srep39734. ЧВК  5177918. PMID  28004835.
  26. ^ "Сайт данных Reef Genomics". smic.reefgenomics.org. Получено 2018-08-22.
  27. ^ а б Эйзен Дж. А., Койн Р. С., Ву М., Ву Д., Тиагараджан М., Вортман Дж. Р. и др. (Сентябрь 2006 г.). «Макроядерная последовательность генома инфузории Tetrahymena thermophila, модельного эукариота». PLOS Биология. 4 (9): e286. Дои:10.1371 / journal.pbio.0040286. ЧВК  1557398. PMID  16933976.
  28. ^ Pain A, Renauld H, Berriman M, Murphy L, Yeats CA, Weir W. и др. (Июль 2005 г.). "Геном паразита, трансформирующего клетки-хозяева, Theileria annulata по сравнению с T. parva". Наука. 309 (5731): 131–3. Bibcode:2005Наука ... 309..131П. Дои:10.1126 / наука.1110418. PMID  15994557.
  29. ^ а б Гарднер MJ, Bishop R, Shah T., de Villiers EP, Carlton JM, Hall N, et al. (Июль 2005 г.). «Последовательность генома Theileria parva, патогена крупного рогатого скота, трансформирующего лимфоциты». Наука. 309 (5731): 134–7. Bibcode:2005Наука ... 309..134G. Дои:10.1126 / наука.1110439. PMID  15994558.
  30. ^ NCBI Геном T. gondii ME49
  31. ^ а б Eichinger L, Pachebat JA, Glöckner G, Rajandream MA, Sucgang R, Berriman M, et al. (Май 2005 г.). «Геном социальной амебы Dictyostelium discoideum». Природа. 435 (7038): 43–57. Bibcode:2005Натура.435 ... 43Э. Дои:10.1038 / природа03481. ЧВК  1352341. PMID  15875012.
  32. ^ а б Лофтус Б., Андерсон И., Дэвис Р., Альсмарк Калифорнийский университет, Самуэльсон Дж., Амедео П. и др. (Февраль 2005 г.). «Геном простейшего паразита Entamoeba histolytica» (PDF). Природа. 433 (7028): 865–8. Bibcode:2005Натура 433..865л. Дои:10.1038 / природа03291. PMID  15729342. S2CID  14231289.
  33. ^ а б Присоединение к NCBI
  34. ^ а б c Кемен Э., Гардинер А., Шульц-Ларсен Т., Кемен А.С., Бальмут А.Л., Роберт-Сейланианц А. и др. (Июль 2011 г.). Ausubel FM (ред.). «Прирост и потеря генов в процессе эволюции облигатного паразитизма у возбудителя белой ржавчины Arabidopsis thaliana». PLOS Биология. 9 (7): e1001094. Дои:10.1371 / journal.pbio.1001094. ЧВК  3130010. PMID  21750662.
  35. ^ Gobler CJ, Berry DL, Dyhrman ST, Wilhelm SW, Salamov A, Lobanov AV, et al. (Март 2011 г.). «Ниша вредоносной водоросли Aureococcus anophagefferens, выявленная с помощью экогеномики». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 108 (11): 4352–7. Bibcode:2011PNAS..108.4352G. Дои:10.1073 / pnas.1016106108. ЧВК  3060233. PMID  21368207.
  36. ^ а б Гилсон П.Р., Су В., Сламовиц С.Х., Рейт М.Э., Килинг П.Дж., Макфадден Г.И. (июнь 2006 г.). «Полная нуклеотидная последовательность нуклеоморфа хлорарахниофита: самое маленькое ядро ​​в природе». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 103 (25): 9566–71. Bibcode:2006PNAS..103.9566G. Дои:10.1073 / pnas.0600707103. ЧВК  1480447. PMID  16760254.
  37. ^ а б c d Кертис Б.А., Танифуджи Г., Бурки Ф., Грубер А., Иримиа М., Маруяма С. и др. (Декабрь 2012 г.). «Геномы водорослей раскрывают эволюционный мозаицизм и судьбу нуклеоморфов». Природа. 492 (7427): 59–65. Bibcode:2012Натура 492 ... 59С. Дои:10.1038 / природа11681. PMID  23201678.
  38. ^ Мур CE, Кертис Б., Миллс Т., Танифуджи Г., Арчибальд Дж. М. (2012). «Нуклеоморфная геномная последовательность криптофитовой водоросли Chroomonas mesostigmatica CCMP1168 выявляет клон-специфическую потерю гена и сложность генома». Геномная биология и эволюция. 4 (11): 1162–75. Дои:10.1093 / gbe / evs090. ЧВК  3514955. PMID  23042551.
  39. ^ Танифуджи Г., Онодера Н.Т., Уилер Т.Дж., Длутек М., Донахер Н., Арчибальд Дж.М. (2012). «Полная последовательность нуклеоморфа генома нефотосинтетической водоросли Cryptomonas Paramecium показывает основной набор генов нуклеоморфа». Геномная биология и эволюция. 3: 44–54. Дои:10.1093 / gbe / evq082. ЧВК  3017389. PMID  21147880.
  40. ^ а б c Прочтите BA, Kegel J, Klute MJ, Kuo A, Lefebvre SC, Maumus F, et al. (Июль 2013). «Пангеном фитопланктона Emiliania лежит в основе его глобального распространения». Природа. 499 (7457): 209–13. Bibcode:2013Натура.499..209.. Дои:10.1038 / природа12221. PMID  23760476.
  41. ^ Вход
  42. ^ а б c Mock T, Otillar RP, Strauss J, McMullan M, Paajanen P, Schmutz J, et al. (Январь 2017 г.). «Эволюционная геномика адаптированной к холоду диатомеи Fragilariopsis cylindrus». Природа. 541 (7638): 536–540. Bibcode:2017Натура.541..536М. Дои:10.1038 / природа20803. PMID  28092920.
  43. ^ а б Дуглас С., Заунер С., Фраунхольц М., Битон М., Пенни С., Дэн Л. Т. и др. (Апрель 2001 г.). «Сильно восстановленный геном порабощенного ядра водорослей». Природа. 410 (6832): 1091–6. Bibcode:2001 Натур.410.1091D. Дои:10.1038/35074092. PMID  11323671.
  44. ^ а б Lane CE, van den Heuvel K, Kozera C, Curtis BA, Parsons BJ, Bowman S, Archibald JM (декабрь 2007 г.). «Нуклеоморфный геном Hemiselmis andersenii обнаруживает полную потерю и уплотнение интронов как фактор структуры и функции белка». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 104 (50): 19908–13. Bibcode:2007ПНАС..10419908Л. Дои:10.1073 / pnas.0707419104. ЧВК  2148396. PMID  18077423.
  45. ^ Бакстер Л., Трипати С., Исхак Н., Бут N, Кабрал А., Кемен Е. и др. (Декабрь 2010 г.). "Признаки адаптации к облигатной биотрофии в геноме Hyaloperonospora arabidopsidis". Наука. 330 (6010): 1549–1551. Bibcode:2010Sci ... 330.1549B. Дои:10.1126 / science.1195203. ЧВК  3971456. PMID  21148394.
  46. ^ Радаковиц Р., Джинкерсон Р. Э., Фюрстенберг С. И., Тае Х., Сеттладж Р. Э., Буре Дж. Л., Посевиц М. С. (февраль 2012 г.). «Проект последовательности генома и генетической трансформации маслянистой водоросли Nannochloropis gaditana». Nature Communications. 3 (2): 686. Bibcode:2012NatCo ... 3..686R. Дои:10.1038 / ncomms1688. ЧВК  3293424. PMID  22353717.
  47. ^ Bowler C, Allen AE, Badger JH, Grimwood J, Jabbari K, Kuo A, et al. (Ноябрь 2008 г.). «Геном Phaeodactylum раскрывает эволюционную историю геномов диатомовых водорослей». Природа. 456 (7219): 239–44. Bibcode:2008Натура.456..239Б. Дои:10.1038 / природа07410. PMID  18923393.
  48. ^ Хаас Б.Дж., Камун С., Зоди М.К., Цзян Р.Х., Хандакер Р.Э., Кано Л.М. и др. (Сентябрь 2009 г.). «Последовательность генома и анализ ирландского возбудителя картофельного голода Phytophthora infestans» (PDF). Природа. 461 (7262): 393–8. Bibcode:2009Натура.461..393H. Дои:10.1038 / природа08358. PMID  19741609. S2CID  4385549.
  49. ^ а б Тайлер Б.М., Трипати С., Чжан Х, Дехал П., Цзян Р.Х., Аэртс А. и др. (Сентябрь 2006 г.). «Последовательности генома фитофторы раскрывают эволюционное происхождение и механизмы патогенеза». Наука. 313 (5791): 1261–6. Bibcode:2006Научный ... 313.1261Т. Дои:10.1126 / science.1128796. PMID  16946064. S2CID  21287860.
  50. ^ Schwelm A, Fogelqvist J, Knaust A, Jülke S, Lilja T, Bonilla-Rosso G и др. (Июнь 2015 г.). «Геном Plasmodiophora brassicae раскрывает понимание его жизненного цикла и происхождения хитинсинтаз». Научные отчеты. 5: 11153. Bibcode:2015НатСР ... 511153С. Дои:10.1038 / srep11153. ЧВК  4471660. PMID  26084520.
  51. ^ Карбон А, Сиу А., Патель Р. (сентябрь 2010 г.). «Детский атопический дерматит: обзор лечения». Летопись фармакотерапии. 44 (9): 1448–58. Дои:10.1345 / aph.1P098. PMID  20628042. S2CID  44649671.
  52. ^ а б Армбраст Э.В., Бергес Дж. А., Боулер С., Грин Б. Р., Мартинес Д., Патнэм Н. Х. и др. (Октябрь 2004 г.). «Геном диатомовой водоросли Thalassiosira pseudonana: экология, эволюция и метаболизм». Наука. 306 (5693): 79–86. Bibcode:2004 Наука ... 306 ... 79А. CiteSeerX  10.1.1.690.4884. Дои:10.1126 / science.1101156. PMID  15459382. S2CID  8593895.
  53. ^ а б Franzén O, Jerlström-Hultqvist J, Castro E, Sherwood E, Ankarklev J, Reiner DS, et al. (Август 2009 г.). Петри В (ред.). "Проект секвенирования генома изолята GS группы B giardia Кишечника: вызван ли лямблиоз человека двумя разными видами?". Патогены PLOS. 5 (8): e1000560. Дои:10.1371 / journal.ppat.1000560. ЧВК  2723961. PMID  19696920.
  54. ^ а б Моррисон Х.Г., МакАртур А.Г., Гиллин Ф.Д., Алей С.Б., Адам Р.Д., Олсен Г.Дж. и др. (Сентябрь 2007 г.). «Геномный минимализм у ранних кишечных паразитов Giardia lamblia». Наука. 317 (5846): 1921–6. Bibcode:2007Научный ... 317.1921M. Дои:10.1126 / science.1143837. PMID  17901334. S2CID  29299317.
  55. ^ а б c d Пикок С.С., Сигер К., Харрис Д., Мерфи Л., Руис Дж. К., Перепел М.А. и др. (Июль 2007 г.). «Сравнительный геномный анализ трех видов Leishmania, вызывающих различные заболевания человека». Природа Генетика. 39 (7): 839–47. Дои:10,1038 / ng2053. ЧВК  2592530. PMID  17572675.
  56. ^ а б Ivens AC, Peacock CS, Worthey EA, Murphy L, Aggarwal G, Berriman M и др. (Июль 2005 г.). «Геном кинетопластидного паразита Leishmania major». Наука. 309 (5733): 436–42. Bibcode:2005Наука ... 309..436I. Дои:10.1126 / наука.1112680. ЧВК  1470643. PMID  16020728.
  57. ^ а б c Фриц-Лейлин Л.К., Прочник С.Е., Джинджер М.Л., Дакс Дж.Б., Карпентер М.Л., Филд М.С. и др. (Март 2010 г.). «Геном Naegleria gruberi свидетельствует о ранней универсальности эукариот». Клетка. 140 (5): 631–42. Дои:10.1016 / j.cell.2010.01.032. PMID  20211133. S2CID  13901186.
  58. ^ а б Карлтон Дж. М., Хирт Р. П., Сильва Дж. К., Делчер А. Л., Шац М., Чжао К. и др. (Январь 2007 г.). «Проект последовательности генома возбудителя, передающегося половым путем, Trichomonas vaginalis». Наука. 315 (5809): 207–12. Bibcode:2007 Наука ... 315..207C. Дои:10.1126 / наука.1132894. ЧВК  2080659. PMID  17218520.
  59. ^ а б Берриман М., Гедин Э., Герц-Фаулер С., Бландин Г., Рено Х., Бартоломеу Д.К. и др. (Июль 2005 г.). «Геном африканской трипаносомы Trypanosoma brucei». Наука. 309 (5733): 416–22. Bibcode:2005Наука ... 309..416B. Дои:10.1126 / наука.1112642. PMID  16020726. S2CID  18649858.
  60. ^ а б Эль-Сайед Н.М., Майлер П.Дж., Бартоломеу Д.К., Нильссон Д., Аггарвал Г., Тран А.Н. и др. (Июль 2005 г.). «Последовательность генома Trypanosoma cruzi, этиологического агента болезни Шагаса». Наука. 309 (5733): 409–15. Bibcode:2005Наука ... 309..409E. Дои:10.1126 / наука.1112631. PMID  16020725. S2CID  3830267.
  61. ^ а б Кинг Н., Уэстбрук М.Дж., Янг С.Л., Куо А., Абедин М., Чепмен Дж. И др. (Февраль 2008 г.). «Геном хоанофлагеллаты Monosiga brevicollis и происхождение многоклеточных животных». Природа. 451 (7180): 783–8. Bibcode:2008Натура.451..783K. Дои:10.1038 / природа06617. ЧВК  2562698. PMID  18273011.