PUF60 - PUF60

PUF60
Доступные конструкции PDB Поиск ортолога: PDBe RCSB Список идентификационных кодов PDB 2DNY, 2KXF, 2KXH, 2QFJ, 3DXB, 3UE2, 3US5, 3UWT
Идентификаторы
Псевдонимы	PUF60, FIR, RoBPI, SIAHBP1, VRJS, поли (U) связывающий фактор сплайсинга 60 кДа, поли (U) связывающий фактор сплайсинга 60
Внешние идентификаторы	OMIM: 604819 MGI: 1915209 ГомолоГен: 8614 Генные карты: PUF60
Расположение гена (человек) Chr. Хромосома 8 (человек)[1] Группа 8q24.3 Начните 143,816,344 бп[1] Конец 143,829,352 бп[1]
Расположение гена (Мышь) Chr. Хромосома 15 (мышь)[2] Группа 15 | 15 D3 Начните 76,070,182 бп[2] Конец 76,080,924 бп[2]
Экспрессия РНК шаблон Дополнительные данные эталонного выражения
Генная онтология Молекулярная функция • связывание нуклеиновой кислоты • Связывание ДНК • GO: 0001948 связывание с белками • идентичное связывание с белками • Связывание РНК • связывание кадгерина Сотовый компонент • соединение клеток • холоферментный комплекс киназы, активирующий циклин-зависимую протеинкиназу • ядро клетки • нуклеоплазма Биологический процесс • обработка мРНК • регуляция транскрипции, ДНК-шаблон • транскрипция, ДНК-шаблон • Сплайсинг РНК • апоптотический процесс • Сплайсинг мРНК через сплайсосомы Источники:Amigo / QuickGO
Ортологи
Разновидность	Человек	Мышь
Entrez	22827	67959
Ансамбль	ENSG00000179950 ENSG00000274081	ENSMUSG00000002524
UniProt	Q9UHX1	Q3UEB3
RefSeq (мРНК)	NM_001136033 NM_001271096 NM_001271097 NM_001271098 NM_001271099 NM_001271100 NM_014281 NM_078480 NM_001362895 NM_001362896 NM_001362897	NM_001164600 NM_028364 NM_133691 NM_001356629 NM_001378984 NM_001378985 NM_001378986
RefSeq (белок)	NP_001129505 NP_001258025 NP_001258026 NP_001258027 NP_001258028 NP_001258029 NP_055096 NP_510965 NP_001349824 NP_001349825 NP_001349826	NP_001158072 NP_082640 NP_598452 NP_001343558 NP_001365913 NP_001365914 NP_001365915
Расположение (UCSC)	Chr 8: 143,82 - 143,83 Мб	Chr 15: 76.07 - 76.08 Мб
PubMed поиск	[3]	[4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человека Просмотр / редактирование мыши

Фактор поли (U) связующего-сращивания ПУФ60 это белок что у людей кодируется PUF60 ген.^[5][6][7][8]

Белок, кодируемый этим геном, представляет собой Ro-RNP-связывающий белок. Он взаимодействует с Ro RNP, и их взаимодействие считается преимуществом для Ro RNP. Этот белок также образует тройной комплекс с расположенным выше элементом (FUSE) и FUSE-связывающим белком. Он может подавить репортер c-myc через FUSE. Также известно, что он воздействует на фактор транскрипции IIH и ингибирует активированную транскрипцию. Этот ген участвует в пигментной ксеродермии. Есть два альтернативно сплайсированных варианта транскрипта этого гена, кодирующие разные изоформы. По-видимому, существуют доказательства наличия нескольких сайтов полиаденилирования для этого гена.^[8]

Взаимодействия

PUF60 был показан взаимодействовать с U2AF2.^[9][10]

Рекомендации

1. ENSG00000274081 GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000179950, ENSG00000274081 - Ансамбль, Май 2017
2. GRCm38: выпуск ансамбля 89: ENSMUSG00000002524 - Ансамбль, Май 2017
3. "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
4. «Ссылка на Mouse PubMed:». Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
5. Буффар П., Барбар Э, Бриер Ф, Буар Г. (январь 2000 г.). «Клонирование взаимодействия и характеристика RoBPI, нового белка, связывающегося с рибонуклеопротеинами Ro человека». РНК. 6 (1): 66–78. Дои:10.1017 / S1355838200990277. ЧВК  1369894. PMID  10668799.
6. Лю Дж., Хе Л., Коллинз И., Ге Х., Либутти Д., Ли Дж., Эгли Дж. М., Левенс Д. (февраль 2000 г.). «Репрессор, взаимодействующий с FBP, нацелен на TFIIH, чтобы ингибировать активированную транскрипцию». Молекулярная клетка. 5 (2): 331–41. Дои:10.1016 / S1097-2765 (00) 80428-1. PMID  10882074.
7. Hastings ML, Allemand E, Duelli DM, Myers MP, Krainer AR (июнь 2007 г.). Valcarcel J (ред.). «Контроль сплайсинга пре-мРНК с помощью общих факторов сплайсинга PUF60 и U2AF (65)». PLOS ONE. 2 (6): e538. Bibcode:2007PLoSO ... 2..538H. Дои:10.1371 / journal.pone.0000538. ЧВК  1888729. PMID  17579712.
8. «Ген Entrez: репрессор, взаимодействующий с белком, связывающим слияние слияния SIAHBP1».
9. Руал Дж. Ф., Венкатесан К., Хао Т., Хирозане-Кишикава Т., Дрикот А., Ли Н., Берриз Г. Ф., Гиббонс Ф. Д., Дрезе М., Айви-Гедехуссу Н., Клитгорд Н., Саймон К., Боксем М., Милштейн С., Розенберг Дж., Голдберг DS, Zhang LV, Wong SL, Franklin G, Li S, Albala JS, Lim J, Fraughton C, Llamosas E, Cevik S, Bex C, Lamesch P, Sikorski RS, Vandenhaute J, Zoghbi HY, Smolyar A, Bosak S, Sequerra R, Doucette-Stamm L, Cusick ME, Hill DE, Roth FP, Vidal M (октябрь 2005 г.). «К карте протеомного масштаба сети взаимодействия белок-белок человека». Природа. 437 (7062): 1173–8. Bibcode:2005 Натур.437.1173R. Дои:10.1038 / природа04209. PMID  16189514. S2CID  4427026.
10. Юинг Р.М., Чу П., Элизма Ф, Ли Х, Тейлор П., Клими С., Макбрум-Цераевски Л., Робинсон, доктор медицины, О'Коннор Л., Ли М., Тейлор Р., Дхарси М., Хо Й, Хейлбут А., Мур Л., Чжан S, Орнатски O, Бухман YV, Ethier M, Sheng Y, Vasilescu J, Abu-Farha M, Lambert JP, Duewel HS, Stewart II, Kuehl B, Hogue K, Colwill K, Gladwish K, Muskat B, Kinach R, Adams С.Л., Моран М.Ф., Морин Г.Б., Топалоглоу Т., Фигейз Д. (2007). «Крупномасштабное картирование белок-белковых взаимодействий человека с помощью масс-спектрометрии». Молекулярная системная биология. 3 (1): 89. Дои:10.1038 / msb4100134. ЧВК  1847948. PMID  17353931.

дальнейшее чтение

• Пейдж-Маккоу PS, Амонлирдвиман К., Шарп PA (декабрь 1999 г.). «PUF60: новая сплайсинговая активность, связанная с U2AF65». РНК. 5 (12): 1548–60. Дои:10.1017 / S1355838299991938. ЧВК  1369877. PMID  10606266.
• Полеев А., Хартманн А., Штамм С. (июль 2000 г.). «Транс-действующий фактор, выделенный трехгибридной системой, который влияет на альтернативный сплайсинг минигена белка-предшественника амилоида». Европейский журнал биохимии. 267 (13): 4002–10. Дои:10.1046 / j.1432-1327.2000.01431.x. PMID  10866799.
• Лю Дж, Акулитчев С., Вебер А., Ге Х., Чуйков С., Либутти Д., Ван XW, Конавей Дж. У., Харрис С.К., Конавей Р.К., Рейнберг Д., Левенс Д. (февраль 2001 г.). «Нарушение взаимодействия активаторов и репрессоров с TFIH в xeroderma pigmentosum». Клетка. 104 (3): 353–63. Дои:10.1016 / S0092-8674 (01) 00223-9. PMID  11239393. S2CID  16066683.
• Sandrock B, Egly JM (сентябрь 2001 г.). «Дрожжевая четырехгибридная система идентифицирует Cdk-активирующую киназу как регулятор геликазы XPD, субъединицы фактора транскрипции IIH». Журнал биологической химии. 276 (38): 35328–33. Дои:10.1074 / jbc.M105570200. PMID  11445587.
• Джин Дж., Смит Ф. Д., Старк С., Уэллс К. Д., Фосетт Дж. П., Кулкарни С., Метальников П., О'Доннелл П., Тейлор П., Тейлор Л., Зугман А., Вудгетт Дж. Р., Лангеберг Л. К., Скотт Д. Д., Поусон Т. (август 2004 г.) . «Протеомный, функциональный и доменный анализ in vivo 14-3-3 связывающих белков, участвующих в регуляции цитоскелета и клеточной организации». Текущая биология. 14 (16): 1436–50. Дои:10.1016 / j.cub.2004.07.051. PMID  15324660. S2CID  2371325.
• Stelzl U, Worm U, Lalowski M, Haenig C, Brembeck FH, Goehler H, Stroedicke M, Zenkner M, Schoenherr A, Koeppen S, Timm J, Mintzlaff S, Abraham C, Bock N, Kietzmann S, Goedde A, Toksöz E , Droege A, Krobitsch S, Korn B, Birchmeier W, Lehrach H, Wanker EE (сентябрь 2005 г.). «Сеть взаимодействия белок-белок человека: ресурс для аннотирования протеома». Клетка. 122 (6): 957–68. Дои:10.1016 / j.cell.2005.08.029. HDL:11858 / 00-001M-0000-0010-8592-0. PMID  16169070. S2CID  8235923.
• Лю Дж., Кузин Ф., Ни Зи, Чунг Х. Дж., Элиша-Фейл З., Вебер А., Чжао К., Левенс Д. (май 2006 г.). «Система FUSE / FBP / FIR / TFIIH - это молекулярная машина, программирующая импульс экспрессии c-myc». Журнал EMBO. 25 (10): 2119–30. Дои:10.1038 / sj.emboj.7601101. ЧВК  1462968. PMID  16628215.
• Лим Дж., Хао Т., Шоу К., Патель А.Дж., Сабо Дж., Руал Дж. Ф., Фиск С.Дж., Ли Н., Смоляр А., Хилл Д.Е., Барабаши А.Л., Видал М., Зогби Х.Ю. (май 2006 г.). «Сеть белок-белкового взаимодействия для унаследованных атаксий человека и нарушений дегенерации клеток Пуркинье». Клетка. 125 (4): 801–14. Дои:10.1016 / j.cell.2006.03.032. PMID  16713569. S2CID  13709685.
• Кью С., Хуанг В., Фишер Дж., Ганесан Р., Робинсон Н., Антеби А. (июнь 2020 г.). «Эволюционно консервативная регуляция иммунитета с помощью фактора сплайсинга RNP-6 / PUF60». eLife. 9: e57591. Дои:10.7554 / eLife.57591. ЧВК  7332298. PMID  32538777.

внешняя ссылка

• PDBe-KB предоставляет обзор всей структурной информации, доступной в PDB для человеческого фактора поли (U) связывания-сплайсинга PUF60