SF3B3 - SF3B3

SF3B3
Идентификаторы
Псевдонимы	SF3B3, RSE1, SAP130, SF3b130, STAF130, фактор сплайсинга 3b субъединица 3
Внешние идентификаторы	OMIM: 605592 MGI: 1289341 ГомолоГен: 6579 Генные карты: SF3B3
Расположение гена (человек) Chr. Хромосома 16 (человек)[1] Группа 16q22.1 Начните 70,523,791 бп[1] Конец 70,577,670 бп[1]
Расположение гена (Мышь) Chr. Хромосома 8 (мышь)[2] Группа 8 E1 | 8 57,73 см Начните 110,810,239 бп[2] Конец 110,846,787 бп[2]
Экспрессия РНК шаблон Дополнительные данные эталонного выражения
Генная онтология Молекулярная функция • GO: 0001948 связывание с белками • Связывание РНК • связывание нуклеиновой кислоты • GO: 0032403 связывание макромолекулярного комплекса Сотовый компонент • каталитическая стадия 2 сплайсосомы • сплайсосомальный комплекс • Сплайсосомальный комплекс типа U12 • ядрышко • малый ядерный рибонуклеопротеидный комплекс • ядро клетки • нуклеоплазма • Предкаталитическая сплайсосома типа U2 Биологический процесс • Сплайсинг РНК посредством реакций переэтерификации • Сплайсинг мРНК через сплайсосомы • обработка мРНК • Сплайсинг РНК • отрицательная регуляция катаболического процесса белков • сборка макромолекулярного комплекса Источники:Amigo / QuickGO
Ортологи
Виды	Человек	Мышь
Entrez	23450	101943
Ансамбль	ENSG00000189091	ENSMUSG00000033732
UniProt	Q15393	Q921M3
RefSeq (мРНК)	NM_012426	NM_133953
RefSeq (белок)	NP_036558	NP_598714
Расположение (UCSC)	Chr 16: 70,52 - 70,58 Мб	Chr 8: 110,81 - 110,85 Мб
PubMed поиск	[3]	[4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человека Просмотр / редактирование мыши

Фактор сплайсинга 3B субъединица 3 это белок что у людей кодируется SF3B3 ген.^[5][6]

Этот ген кодирует субъединицу 3 белкового комплекса фактора сплайсинга 3b. Фактор сплайсинга 3b вместе с фактором сплайсинга 3a и единицей 12S РНК образует комплекс малых ядерных рибонуклеопротеидов U2 (U2 snRNP). Комплекс фактора сплайсинга 3b / 3a связывает пре-мРНК перед сайтом ответвления интрона независимым от последовательности образом и может прикрепить U2 snRNP к пре-мРНК. Фактор сплайсинга 3b также является компонентом минорной сплайсосомы типа U12. Субъединица 3 также была идентифицирована как компонент комплекса транскрипционный коактиватор STAGA (SPT3-TAF (II) 31-GCN5L ацетилаза)-HAT (гистонацетилтрансфераза) и TFTC (TAF (II), свободный от TATA-связывающих белков) - содержащий комплекс). Эти комплексы могут участвовать в модификации хроматина, транскрипции, сплайсинге и репарации ДНК.^[6]

Взаимодействия

SF3B3 был показан взаимодействовать с участием SF3B1,^[5][7] Гомолог белка инициации транскрипции SPT3^[8] и TAF9.^[8]

использованная литература

1. ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000189091 - Ансамбль, Май 2017
2. GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000033732 - Ансамбль, Май 2017
3. "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
4. "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
5. Das BK; Xia L; Palandjian L; Gozani O; Chyung Y; Рид Р. (февраль 2000 г.). «Характеристика белкового комплекса, содержащего сплайсосомные белки SAPs 49, 130, 145 и 155». Mol Cell Biol. 19 (10): 6796–802. Дои:10.1128 / mcb.19.10.6796. ЧВК  84676. PMID  10490618.
6. «Ген Entrez: фактор сплайсинга SF3B3 3b, субъединица 3, 130 кДа».
7. Уилл, Синди Л. Урлауб Хеннинг; Ахсель Тильманн; Гентцель Марк; Вильм Матиас; Lührmann Reinhard (сентябрь 2002 г.). «Характеристика новых белков snRNP SF3b и 17S U2, включая гомолог человеческого Prp5p и белок DEAD-бокса SF3b». EMBO J. 21 (18): 4978–88. Дои:10.1093 / emboj / cdf480. ISSN  0261-4189. ЧВК  126279. PMID  12234937.
8. Мартинес, Э; Palhan V B; Тьернберг А; Lymar E S; Gamper A M; Kundu T K; Chait B T; Roeder RG (октябрь 2001 г.). «Комплекс STAGA человека представляет собой коактиватор транскрипции, ацетилирующий хроматин, который взаимодействует с факторами сплайсинга пре-мРНК и факторами связывания повреждений ДНК in vivo». Мол. Cell. Биол. 21 (20): 6782–95. Дои:10.1128 / MCB.21.20.6782-6795.2001. ISSN  0270-7306. ЧВК  99856. PMID  11564863.

дальнейшее чтение

• Номура Н., Миядзима Н., Сазука Т. и др. (1995). «Прогнозирование кодирующих последовательностей неидентифицированных генов человека. I. Кодирующие последовательности 40 новых генов (KIAA0001-KIAA0040), полученные путем анализа случайно выбранных клонов кДНК из незрелых миелоидных клеток человека линии KG-1». ДНК Res. 1 (1): 27–35. Дои:10.1093 / dnares / 1.1.27. PMID  7584026.
• Номура Н., Миядзима Н., Сазука Т. и др. (1995). «Прогнозирование кодирующих последовательностей неидентифицированных генов человека. I. Кодирующие последовательности 40 новых генов (KIAA0001-KIAA0040), выведенные путем анализа случайно выбранных клонов кДНК из незрелых миелоидных клеток человека линии KG-1 (приложение)». ДНК Res. 1 (1): 47–56. Дои:10.1093 / днарес / 1.1.47. PMID  7584028.
• Bonaldo MF; Lennon G; Соареш МБ (1997). «Нормализация и вычитание: два подхода для облегчения открытия генов». Genome Res. 6 (9): 791–806. Дои:10.1101 / гр.6.9.791. PMID  8889548.
• Минц П.Дж., Паттерсон С.Д., Нойвальд А.Ф. и др. (1999). «Очистка и биохимическая характеристика кластеров межхроматиновых гранул». EMBO J. 18 (15): 4308–20. Дои:10.1093 / emboj / 18.15.4308. ЧВК  1171507. PMID  10428969.
• Брэнд М., Моггс Дж. Г., Улад-Абдельгани М. и др. (2001). «Поврежденный УФ излучением ДНК-связывающий белок в комплексе TFTC связывает распознавание повреждений ДНК с ацетилированием нуклеосом». EMBO J. 20 (12): 3187–96. Дои:10.1093 / emboj / 20.12.3187. ЧВК  150203. PMID  11406595.
• Ганглофф Ю.Г., Поинтуд Дж. К., Туо С. и др. (2001). «Компоненты TFIID TAFII140 человека и Drosophila BIP2 (TAFII155) являются новыми гомологами многоклеточных дрожжей TAFII47, содержащими гистоновую складку и палец PHD». Мол. Cell. Биол. 21 (15): 5109–21. Дои:10.1128 / MCB.21.15.5109-5121.2001. ЧВК  87236. PMID  11438666.
• Будет CL, Schneider C, MacMillan AM и др. (2001). «Новый белок snRNP U2 и U11 / U12, который связывается с участком разветвления пре-мРНК». EMBO J. 20 (16): 4536–46. Дои:10.1093 / emboj / 20.16.4536. ЧВК  125580. PMID  11500380.
• Мартинес Э., Палхан В.Б., Тьернберг А. и др. (2001). «Комплекс STAGA человека представляет собой коактиватор транскрипции, ацетилирующий хроматин, который взаимодействует с факторами сплайсинга пре-мРНК и факторами связывания повреждений ДНК in vivo». Мол. Cell. Биол. 21 (20): 6782–95. Дои:10.1128 / MCB.21.20.6782-6795.2001. ЧВК  99856. PMID  11564863.
• Юрица М.С., Ликлидер Л.Дж., Гиги С.Р. и др. (2002). «Очистка и характеристика нативных сплайсосом, пригодных для трехмерного структурного анализа». РНК. 8 (4): 426–39. Дои:10.1017 / S1355838202021088. ЧВК  1370266. PMID  11991638.
• Скотт М.П., ​​Заппакоста Ф., Ким Е.Ю. и др. (2002). «Идентификация новых лигандов домена SH3 для киназы Hck семейства Src. Синдромный белок Вискотта-Олдрича (WASP), WASP-взаимодействующий белок (WIP) и ELMO1». J. Biol. Chem. 277 (31): 28238–46. Дои:10.1074 / jbc.M202783200. PMID  12029088.
• Будет CL, Urlaub H, Achsel T, et al. (2002). «Характеристика новых белков snRNP SF3b и 17S U2, включая гомолог человеческого Prp5p и белок DEAD-бокса SF3b». EMBO J. 21 (18): 4978–88. Дои:10.1093 / emboj / cdf480. ЧВК  126279. PMID  12234937.
• Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2003). «Создание и первоначальный анализ более 15 000 полноразмерных последовательностей кДНК человека и мыши». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 99 (26): 16899–903. Bibcode:2002ПНАС ... 9916899М. Дои:10.1073 / pnas.242603899. ЧВК  139241. PMID  12477932.
• Чавушоглу Н; Марка М; Tora L; Ван Дорсселер А (2003). «Новые субъединицы TATA-связывающего белка, не содержащего TAFII-содержащего транскрипционного комплекса, идентифицированного с помощью матричной лазерной десорбции / ионизации-времяпролетной масс-спектрометрии после одномерного гель-электрофореза». Протеомика. 3 (2): 217–23. Дои:10.1002 / pmic.200390030. PMID  12601814.
• Ли Дж., Хокинс И.К., Харви С.Д. и др. (2003). «Регулирование альтернативного сплайсинга с помощью SRrp86 и взаимодействующих с ним белков». Мол. Cell. Биол. 23 (21): 7437–47. Дои:10.1128 / MCB.23.21.7437-7447.2003. ЧВК  207616. PMID  14559993.
• Ота Т., Сузуки Ю., Нисикава Т. и др. (2004). «Полное секвенирование и характеристика 21 243 полноразмерных кДНК человека». Nat. Genet. 36 (1): 40–5. Дои:10,1038 / ng1285. PMID  14702039.
• Будет CL, Schneider C, Hossbach M, et al. (2004). "18S U11 / U12 snRNP человека содержит набор новых белков, не обнаруженных в U2-зависимой сплайсосоме". РНК. 10 (6): 929–41. Дои:10.1261 / rna.7320604. ЧВК  1370585. PMID  15146077.
• Джин Дж., Смит Ф. Д., Старк С. и др. (2004). «Протеомный, функциональный и доменный анализ in vivo 14-3-3 связывающих белков, участвующих в регуляции цитоскелета и клеточной организации». Curr. Биол. 14 (16): 1436–50. Дои:10.1016 / j.cub.2004.07.051. PMID  15324660. S2CID  2371325.
• Герхард Д.С., Вагнер Л., Фейнгольд Е.А. и др. (2004). "Статус, качество и расширение проекта NIH полноразмерной кДНК: Коллекция генов млекопитающих (MGC)". Genome Res. 14 (10B): 2121–7. Дои:10.1101 / гр.2596504. ЧВК  528928. PMID  15489334.
• Юинг Р.М., Чу П., Элизма Ф. и др. (2007). «Крупномасштабное картирование белок-белковых взаимодействий человека с помощью масс-спектрометрии». Мол. Syst. Биол. 3 (1): 89. Дои:10.1038 / msb4100134. ЧВК  1847948. PMID  17353931.