Секретом - Secretome

В секретом это набор белки выражается организмом и секретный в внеклеточное пространство. У людей это подмножество протеом охватывает 13-20% всех белков, в том числе цитокины, факторы роста, внеклеточный матрикс белки и регуляторы, а также рецепторы сброса. Секретом конкретной ткани можно измерить с помощью масс-спектрометрии и его анализ представляет собой тип протеомика известный как секретомика.

Определение

Период, термин секретом был придуман Tjalsma и его коллегами в 2004 году для обозначения всех факторов, секретируемых клеткой, наряду с составляющими секреторного пути.[1] В 2010 году это определение секретома было пересмотрено, чтобы включить только белки, секретируемые во внеклеточное пространство.[2] Связанные понятия включают матрисом, который является подмножеством секретома, который включает внеклеточный матрикс белки и связанные с ними белки;[3] то рецепт, который включает в себя все мембранные рецепторы,[4] и липкий, который включает все белки, участвующие в клеточная адгезия.[5][6]

Количественная оценка

Секретируемые белки у человека составляют 13–20% всей протеом и включают факторы роста, хемокины, цитокины, молекулы адгезии, протеазы и рецепторы сброса.[2] Гены, кодирующие белок человека (39%, 19613 генов[7]) предположительно содержат сигнальный пептид и / или по крайней мере одну трансмембранную область, что указывает на активный транспорт соответствующего белка из клетки (секреция) или локализация в одной из многочисленных мембранных систем клетки. Все больше данных показывает, что, помимо белкового груза, небелковые компоненты, такие как липиды, микро-РНК и информационная РНК, также могут секретироваться клетками через оба микровезикулы (Диаметр 100–> 1000 нм) - выход из плазматической мембраны - и экзосомы (Диаметр 30–150 нм) - высвобождается в результате эндосомального экзоцитоза.[8] Факторы, присутствующие в обеих этих органеллах, составляют до 42% секретома и были включены в коллективный секретом.[9] Существует огромное количество доступных методологий для изучения клеточных секретов растительных клеток, клеток млекопитающих, стволовых и раковых клеток.[9]

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ Tjalsma, H .; Antelmann, H .; Jongbloed, J. D.H .; Braun, P.G .; Darmon, E .; Dorenbos, R .; Дюбуа, Ж.-Й. F .; Westers, H .; Zanen, G .; Quax, W. J .; Kuipers, O.P .; Bron, S .; Hecker, M .; ван Дейл, Дж. М. (8 июня 2004 г.). «Протеомика секреции белка Bacillus subtilis: разделение« секретов »секретома». Обзоры микробиологии и молекулярной биологии. 68 (2): 207–233. Дои:10.1128 / MMBR.68.2.207-233.2004. PMID  15187182.
  2. ^ а б Агравал Г.К., Джва Н.С., Лебрун М.Х., Джоб Д., Раквал Р. (февраль 2010 г.). «Растительный секрет: раскрытие секретов секретируемых белков». Протеомика. 10 (4): 799–827. Дои:10.1002 / pmic.200900514. PMID  19953550.
  3. ^ Hynes, R.O .; Наба, А. (21 сентября 2011 г.). «Обзор матрисомы - перечень компонентов и функций внеклеточного матрикса». Перспективы Колд-Спринг-Харбор в биологии. 4 (1): a004903. Дои:10.1101 / cshperspect.a004903. ЧВК  3249625. PMID  21937732.
  4. ^ Бен-Шломо, I .; Yu Hsu, S .; Rauch, R .; Kowalski, H.W .; Сюэ, А. Дж. У. (17 июня 2003 г.). «Сигнальный рецепт: геномная и эволюционная перспектива плазматических мембранных рецепторов, участвующих в передаче сигнала». Научная сигнализация. 2003 (187): re9. Дои:10.1126 / stke.2003.187.re9. PMID  12815191.
  5. ^ Зайдель-Бар, Ронен; Ицковиц, Шалев; Мааян, Ави; Айенгар, Рави; Гейгер, Бенджамин (август 2007 г.). «Функциональный атлас адгезомы интегрина». Природа клеточной биологии. 9 (8): 858–867. Дои:10.1038 / ncb0807-858. ЧВК  2735470. PMID  17671451.
  6. ^ Хортон, Эдвард Р .; Байрон, Адам; Аскари, Джанет А .; Ng, Daniel H.J .; Мийон-Фремийон, Анжелик; Робертсон, Джозеф; Копер, Ева Дж .; Пол, Никки Р .; Уорвуд, Стейси; Рыцарь, Дэвид; Хамфрис, Джонатан Д.; Хамфрис, Мартин Дж. (19 октября 2015 г.). «Определение консенсусной адгезомы интегрина и ее динамики во время сборки и разборки адгезионного комплекса». Природа клеточной биологии. 17 (12): 1577–1587. Дои:10.1038 / ncb3257. ЧВК  4663675. PMID  26479319.
  7. ^ Улен М., Фагерберг Л., Халльстрём Б.М., Линдског С., Оксволд П., Мардиноглу А. и др. (Январь 2015 г.). «Протеомика. Тканевая карта протеома человека». Наука. 347 (6220): 1260419. Дои:10.1126 / science.1260419. PMID  25613900.
  8. ^ Сюй Р., Гриннинг Д.В., Чжу Х.Дж., Такахаши Н., Симпсон Р.Дж. (апрель 2016 г.). «Выделение и характеристика внеклеточных везикул: к клиническому применению». Журнал клинических исследований. 126 (4): 1152–62. Дои:10.1172 / JCI81129. ЧВК  4811150. PMID  27035807.
  9. ^ а б Мукерджи П., Мани С. (ноябрь 2013 г.). «Методики расшифровки клеточного секретома». Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Белки и протеомика. 1834 (11): 2226–32. Дои:10.1016 / j.bbapap.2013.01.022. ЧВК  3652893. PMID  23376189.

дальнейшее чтение